Den primære effekten av ødeleggelse av habitat er en reduksjon i biologisk mangfold, som refererer til mangfoldet og overflod av forskjellige arter av dyr og planter i en bestemt setting. Når et dyr mister det naturlige hjemmet eller habitatet det trenger for å overleve, synker antallet raskt, og det beveger seg mot utryddelse. Det anslås at 14 000 til 35 000 arter risikerer å bli utryddet, og ødeleggelse av habitat er en av hovedårsakene.
Pollinering og frøspredning
Både ville planter og jordbruksplanter er avhengige av pollinering for reproduksjon. Frukt og grønnsaker, nøkkelkomponenter i det menneskelige kostholdet, er avhengige av bier og andre insekter for å overføre pollen fra blomst til blomst. Når ødeleggelse av habitat reduserer varianter av disse pollinatorene, faller avlingene også. Stikkfrie bier i Costa Rica som bare hekker i skog, øker for eksempel utbyttet i kaffeplantasjer som ligger nær skogfletter med 20 prosent. Mange planter er også avhengige av dyr, spesielt de som spiser frukt, for spredning av frø. Å ødelegge habitatet til dyr av denne typen kan alvorlig påvirke planteartene som er avhengige av dem.
Klimaforskrift
Naturmangfold påvirker klimaet hovedsakelig gjennom regulering av mengden karbondioksid i atmosfæren. Ødeleggelse av skogsmiljøer reduserer skogens kapasitet til å absorbere karbondioksid. Veksthastigheten og treaktigheten til en plante bestemmer hastigheten på karbonomsetningen i den. Landskapsmønstre er også viktig siden karbonbinding er redusert i kantene av skogfragmenter. Marine økosystemer spiller også en viktig rolle i karbonbinding.
Skadedyrkontroll
Skadedyr retter seg ofte mot bestemte plantetyper. Når habitater ødelegges og mangfoldet av planter reduseres, inneholder miljøet mer av en bestemt type planter. Dette gjør det lettere for skadedyr å spre seg. Plantemangfold gir habitater for et større utvalg av insekter og andre dyr og for skadedyrens naturlige fiender. Soppplantsykdommer er mer alvorlige i monokulturområder der en enkelt type avling dyrkes.
Indirekte effekter
Produksjonen av mat, klær og husly for mennesker avhenger på mange indirekte måter av biologisk mangfold i økosystemer. Et stort mangfold av landbruksavlinger beskytter bønder mot avlingssvikt. Ødeleggelse av habitater og reduksjon av artsmangfoldet kan gjøre økosystemene mer sårbare for invasive arter og indirekte påvirke menneskers helse og velvære. Effekten av invasive arter illustreres av hva som skjedde da bass ble introdusert i Gatun Lake, Panama. Tilstedeværelsen av bass resulterte i reduksjon av rovdyr av mygglarver og en økning i forekomsten av malaria.