Den grunnleggende rollen som reptiler spiller i økosystemet er enkel. Som en del av den større næringskjeden forhindrer de overbefolkning og gir mat til sultne rovdyr, spesielt når de er unge. Deres betydning for mennesker er mindre uttalt, men fortsatt viktig.
Insekt- og gnagerkontroll
Reptiler påfører en viktig sjekk på insekt- og gnagerpopulasjoner. Noen av de mest giftige slangene i verden, som den indiske kobraen, forhindrer faktisk spredning av sykdomsbærende gnagere, selv i urbane sentre, så deres nytte ofte oppveier faren. Imidlertid virker langt mer godartede reptiler også for å kontrollere populasjoner av skadedyr.
Fiskekontroll
I følge nettstedet Animal Bytes fra Busch Gardens forhindrer krokodiller og alligatorer også overbefolkning av fiskearter i kystregioner og våtmarker, som er sentralt for å holde disse akvatiske økosystemene sunne og balansert. Et sunt akvatisk økosystem er viktig for fiskerier som lever i disse miljøene.
Carrion Control
Mange krypdyr fører svært forsømmelige livsstiler, så de prøver å slå raskt for å underkaste byttet. For ethvert krypdyr er et råtnende kadaver, som kalles en åtsel, et enkelt måltid, så reptiler som beryktede Komodo Dragon er en av mange organismer som spiller en rolle i å fjerne døde dyr fra miljø.
Bytte
Reptiler i seg selv brukes ofte til mat. Rovfugler vil spise alt fra boa til øgler. Unge skilpadder er byttet av alle slags dyr. Sea Turtle hatchlings som møter en farlig reise tilbake til vannet, gir en virkelig fest for sultne dyr. Nova Southeastern University uttaler at bare omtrent én av 1000 vil overleve til voksen alder.
Menneskelige interaksjoner
Selv om mennesker generelt prøver å unngå samhandling med reptiler, bærer de av og til et viktig som strekker seg utover overlevelse og inn i kulturriket. Skilpadder er for eksempel en delikatesse og spiller en rolle i tradisjonell kinesisk medisin. I tillegg brukes en slanges gift ofte for å utlede vaksiner, og reptilskala blir ansett som moteriktig i mange kulturer.