Niveaus van classificatie van microbiologie

In de 19e eeuw was taxonomie - de classificatie van levende organismen - een rage in de biologie. Zowel amateur- als professionele natuuronderzoekers waren zo verstrikt in de rage van het verzamelen en identificeren van wezens, zeldzame kevers waren populaire handelswaar. In die tijd was er weinig bekend over micro-organismen en hun plaats in de wereld van levende wezens, en de classificatie van de microbiologie kreeg niet zoveel aandacht. In de tussenliggende decennia is de kennis over microben en de methoden van identificeren van micro-organismen, waarvan een deel van die toename blijkt uit de efficiënte classificatie van micro-organismen.

Taxonomie heeft drie componenten: nomenclatuur, classificatie en identificatie. Nomenclatuur is simpelweg het toekennen van een naam aan een soort. Classificatie is het groeperen van soorten op basis van gedeelde kenmerken - waarvan sommige fysiek en sommige biochemisch zijn. Identificatie is het gebruik van kenmerken van een organisme om te bepalen waar het thuishoort in een classificatieschema. Het moderne taxonomische schema heeft als grootste, meest inclusieve groep, de domeinen. De kleinste groep is de soort. Van het meest omvattende tot het meest specifieke, de niveaus lopen als volgt: domein, koninkrijk, stam, klasse, orde, familie, geslacht en soort. U bent bijvoorbeeld Eukarya Animalia Chordata Mammalia Primate Hominidae Homo sapiens.

Micro-organismen zijn enorm divers. Ze worden niet bepaald door een bepaalde structuur of functie, maar gewoon door hun grootte. Micro-organismen zijn zo divers dat ze binnen alle drie de verschillende classificaties op het hoogste niveau vallen - alle drie de domeinen. Het ene domein is bacteriën, het andere is archaea en het laatste is eukarya. Alle leden van de bacterie- en archaea-domeinen zijn eencellige micro-organismen. Het zijn beide cellen zonder membranen die hun genetisch materiaal scheiden van de rest van de cel - membranen die een kern definiëren. Dus alle koninkrijken, phyla, klassen, orden, families, geslachten en soorten binnen de domeinen bacteriën en archaea zijn micro-organismen.

Eukarya zijn organismen waarvan de cellen een kern bevatten. Veel eukaryote organismen zijn eencellige micro-organismen, maar vele andere - zoals sequoia's, of jij - zijn dat niet. Er zijn dus aanvullende classificaties nodig. Het koninkrijk Protista binnen het domein Eukarya bestaat alleen uit eencellige micro-organismen. De protisten zijn onderverdeeld in drie verschillende groepen phyla: vier verschillende algenphyla, vier verschillende protozoaphyla en twee verschillende schimmelphyla. Maar alle organismen binnen deze phyla – allemaal binnen het koninkrijk Protista – zijn micro-organismen.

Het koninkrijk Fungi is opgenomen in het domein Eukarya. Sommige van de phyla binnen de schimmels bevatten micro-organismen. Het phylum Zygomycota bevat bijvoorbeeld microscopisch kleine broodvormen en het phylum Ascomycota bevat gisten en microbiële gewasplagen en parasieten. Korstmossen zijn een symbiotische verzameling van een schimmel en een fotosynthetisch organisme - deels binnen het koninkrijk Fungi en deels in andere koninkrijken, of zelfs andere domeinen.