Neutrofiele en acidofiele heterotrofe bacteriën vormen de meerderheid van de soorten bacteriën. De termen "neutrofiel" en "acidofiel" verwijzen naar het optimale pH-niveau van bacteriesoorten - een maat voor de zuurgraad of basiciteit van een stof. Azijn meet bijvoorbeeld als zuur en bakpoeder als basis. De pH-schaal loopt van 0 tot 14, met 7, de pH van zuiver water, precies in het midden.
Neutrofiele heterotrofen
De meeste bacteriën, neutrofielen, leven in aarde of water en groeien het best bij een neutrale pH tussen 6 en 8. Als de pH te ver buiten dit bereik varieert, kunnen neutrofiele bacteriën niet overleven. De meeste bacteriën die ziekten bij mensen veroorzaken, zijn ook neutrofiele heterotrofen, zeer geschikt om in een menselijk lichaam te overleven.
Acidofiele heterotrofen
Acidofiele bacteriën groeien beter bij lagere pH-niveaus, meestal onder een pH van 6, omdat ze biologische mechanismen hebben waarmee ze hun interne pH bijna neutraal kunnen houden. Zure mijnafvoer - de verontreinigde, zeer zure afvoer van mijngebieden - bevat een grote populatie acidofielen die het sulfide in metaalerts oxideren. Volgens het Science Education Resource Center van Carleton College vertoonde het acidofiele ferroplasma dat wordt aangetroffen in de drainage van zure mijnen een pH-waarde die zo laag is als nul.
Verplicht acidofiele heterotrofen
Verplichte acidofielen hebben een lage pH nodig, lager dan 4 of 5, om te overleven. Het celmembraan van obligate acidofielen lost in feite op bij neutrale pH-waarden, waardoor celdood wordt veroorzaakt. Veel obligate acidofielen zijn ook thermofielen - organismen die het beste groeien bij hoge temperaturen - en worden vaak aangetroffen in vulkanische bodems. Thiobacillus ferrooxidans is waarschijnlijk de meest bestudeerde ijzeroxiderende acidofiele bacterie.