Misschien wel de belangrijkste manier waarop schimmelsporen verschillen van bacteriële endosporen, is dat schimmels worden geclassificeerd als zogenaamde hogere schimmels. Als zodanig bevatten ze wat biologen het eukaryote celtype noemen. Bacteriële endosporen daarentegen worden gevormd uit bacteriën die - als groep - geclassificeerd zijn als het prokaryotische celtype. Het verschil tussen de prokaryote cel en de eukaryote cel is fundamenteel in de biologie. In de duidelijkste bewoordingen is de bacteriecel structureel veel eenvoudiger.
De eukaryote cel - zoals die in schimmelsporen - zit vol met een complex van cellulaire structuren die organellen worden genoemd. Organellen voeren allerlei celfuncties uit en een van de meest opvallende organellen is de kern. De eukaryote celkern van schimmelsporen bevat het DNA dat de cel in staat stelt te functioneren en zich voort te planten. Dit in tegenstelling tot bacteriële endosporen waarbij het DNA min of meer vrij is in het cytoplasma van de cel.
Naast de kern bevat de eukaryote schimmelsporencel organellen zoals het endoplasmatisch reticulum of ER. Het ER is in wezen als een doolhof van gevouwen membranen waarin veel biochemische processen die essentieel zijn voor de cel worden uitgevoerd. In schimmelsporen is het ER verbonden met de nucleaire envelop, een membraan dat de celkern omringt. Bij bacteriële endosporen ontbreekt deze regeling.
Bacteriële endosporen hebben vrijwel geen van het niveau van cellulaire verfijning dat aanwezig is in eukaryote schimmelsporen. Een ander onderscheid tussen bacteriële endosporen en schimmelsporen - naast hun fundamentele verschil in celtype - is de rol die ze spelen in de levensgeschiedenissen van hun respectievelijke organismen. Een bacteriële endospore is een resistente structuur die zich vormt in de cel van een bacterie. In tegenstelling tot schimmelsporen is de bacteriële endospore speciaal aangepast om ongunstige omgevingscondities te weerstaan. Een belangrijk kenmerk van bacteriële endosporen is een verbinding die dipicolinezuur wordt genoemd. Deze verbinding, hoewel niet gangbaar in schimmelsporen, speelt een belangrijke rol bij het mediëren van de resistentie van de bacteriële endosporen tegen ongunstige omgevingsomstandigheden.
Er zijn tal van andere verschillen tussen bacteriële endosporen en schimmelsporen. De meeste hebben, nogmaals, te maken met het fundamentele onderscheid tussen de eukaryote en de prokaryotische cel. Naast de reeds beschreven organellen zijn veel andere organellen aanwezig in de schimmelsporen maar afwezig in de bacteriële endospore. Deze omvatten een structuur die het Golgi-apparaat wordt genoemd en andere zoals de zogenaamde nucleolus. De nucleolus is een structuur in de kern van de eukaryote cellen en is actief in de eiwitsynthese die cruciaal is voor de celfunctie. Bacteriële endosporen voeren veel van dezelfde essentiële levensfuncties uit als schimmelsporen, maar ze doen dit zonder de voordelen van geavanceerde organellen die in de schimmelsporen voorkomen.