Transmissie-elektronenmicroscoop (TEM) en scanning elektronenmicroscoop (SEM) zijn microscopische methoden voor het bekijken van extreem kleine exemplaren. TEM en SEM kunnen worden vergeleken in monstervoorbereidingsmethoden en toepassingen van elke technologie.
Beide typen elektronenmicroscopen bombarderen het preparaat met elektronen. De TEM is geschikt voor het bestuderen van de binnenkant van objecten. Kleuring zorgt voor contrast en het snijden zorgt voor ultradunne exemplaren voor onderzoek. TEM is zeer geschikt voor onderzoek van virussen, cellen en weefsels.
Specimens die door SEM zijn onderzocht, hebben een geleidende coating nodig, zoals goud-palladium, koolstof of platina om overtollige elektronen te verzamelen die het beeld zouden verdoezelen. SEM is zeer geschikt om het oppervlak van objecten zoals macromoleculaire aggregaten en weefsels te bekijken.
Een elektronenkanon produceert een stroom elektronen die worden gefocusseerd door een condensorlens. De gecondenseerde bundel en de doorgelaten elektronen worden door een objectieflens gefocusseerd tot een beeld op een fosforbeeldscherm. Donkerdere delen van het beeld geven aan dat er minder elektronen werden doorgelaten en dat die gebieden dikker zijn.
Net als bij de TEM wordt een elektronenbundel geproduceerd en gecondenseerd door een lens. Dit is een koerslens op de SEM. Een tweede lens vormt de elektronen tot een strakke, dunne bundel. Een set spoelen scant de bundel op dezelfde manier als televisie. Een derde lens richt de straal in het gewenste deel van het preparaat. De straal kan stilstaan op een bepaald punt. De straal kan het hele monster 30 keer per seconde scannen.