De rivier de Mississippi herbergt een verscheidenheid aan waterplanten en dieren in een complex, onderling verbonden ecosysteem. Waterplanten bieden voedsel en beschutting aan veel verschillende soorten in de rivier en kunnen zo klein zijn als de eencellige algen. De rivier de Mississippi heeft een scala aan dieren, van ongewervelde dieren tot vissen, kikkers en andere.
algen
Volgens het Iowa Department of Natural Resources herbergt de Mississippi twee belangrijke soorten algen: groen en blauwgroen. Groene algen zijn de biologische basiscomponent van elk gezond ecosysteem; ze creëren grote kolonies die het water een groenachtige tint kunnen geven. Blauwalgen zijn minder gewenst en worden beschouwd als hinderlijke algen. Ze worden geassocieerd met gestresste ecosystemen en kunnen onaangename smaken bij vissen veroorzaken of hele populaties doden.
Eendekroos
Deze veel voorkomende vrij zwevende plant heeft een enkel klein blad en wortels die in het water bengelen om voedingsstoffen op te zuigen. Zoals de naam al aangeeft, is eendenkroos een belangrijke voedselbron voor veel watervogels.
Waterlelies
Witte waterlelies komen veel voor in de rivier de Mississippi en bestaan uit grote, drijvende bladeren met een leerachtige textuur. Ze produceren grote witte bloemen bovenop de bladeren en zijn geworteld in de modder eronder.
Rivierkreeft
Deze schaaldieren, ook wel langoesten of rivierkreeften genoemd, lijken op kleine kreeften. Ze zijn voornamelijk bodemvoeders en consumeren bladeren van andere dieren, aas en kleine dieren. Zowel inheemse als invasieve rivierkreeften leven in de rivier de Mississippi.
Meerval
Kanaalmeervallen komen veel voor in de rivier de Mississippi. Ze zijn de meest talrijke soort meerval. Deze vissen kunnen verrassend groot worden en blijven vooral aan de rivierbodem plakken. Ze vallen op door hun neiging om veel verschillende soorten aas aan te vallen, maar ze moeten zelden worden gegeten vanwege het gevaar van PCB-besmetting (polychloorbifenyl).
Luipaard kikker
Deze gevlekte kikkers worden ook wel weidekikkers genoemd. Ze leven in en rond de rivier de Mississippi. Ze dienen vaak als milieu-indicatorsoorten vanwege hun gevoeligheid voor verontreinigende stoffen en verontreinigingen. Ze brengen het grootste deel van hun tijd door langs de oevers van beken en andere watermassa's en eten voornamelijk insecten, geleedpotigen en andere ongewervelde dieren.