Neitrofilās un acidofilās heterotrofās baktērijas veido lielāko daļu baktēriju sugu. Termini "neitrofīlie" un "acidofilie" attiecas uz baktēriju sugu optimālo pH līmeni - vielas skābuma vai bāziskuma rādītāju. Piemēram, etiķis ir tikpat skābs un cepamā soda kā pamats. PH skala svārstās no 0 līdz 14, ar 7 - tīra ūdens pH - tieši vidū.
Neitrofilie heterotrofi
Lielākā daļa baktēriju, neitrofilu, dzīvo augsnē vai ūdenī un vislabāk aug pie neitrāla pH no 6 līdz 8. Ja pH mainās pārāk tālu ārpus šī diapazona, neitrofilās baktērijas nevar izdzīvot. Lielākā daļa baktēriju, kas cilvēkiem izraisa slimības, ir arī neitrofīli heterotrofi, labi piemēroti izdzīvošanai cilvēka ķermenī.
Acidofīlie heterotrofi
Acidophilic baktērijas labāk aug zemākā pH līmenī, parasti zem pH 6, jo tām ir bioloģiski mehānismi, kas ļauj uzturēt savu iekšējo pH gandrīz neitrālu. Skābās raktuvju drenāžās - piesārņotajā, ļoti skābajā notekūdeņos no kalnrūpniecības teritorijām - ir daudz acidofilu, kas oksidē sulfīdu, kas atrodams metāla rūdās. Saskaņā ar Karletonas koledžas Zinātnes izglītības resursu centra datiem skābju raktuvju drenāžā atrastā acidofila Ferroplasma pH līmenis bija tik zems.
Obligāti acidofīli heterotrofi
Obligātajiem acidofiliem izdzīvošanai nepieciešams zems pH līmenis, zem 4 vai 5. Obligāto acidofilu šūnu membrāna faktiski izšķīst neitrālā pH līmenī, izraisot šūnu nāvi. Daudzi obligātie acidofili ir arī termofili - organismi, kas vislabāk aug augstā temperatūrā - un parasti sastopami vulkāniskajās augsnēs. Thiobacillus ferrooxidans, iespējams, ierindojas kā visbiežāk pētītā dzelzi oksidējošā acidofilā baktērija.