Florida Keys ekosistēma sastāv no dažādiem biotopiem, tostarp mangrovēm, koraļļu rifiem un pinelands, kurās ir daudz unikālu sugu. Arī cilvēki ir daļa no ekosistēmas, un viņu darbība ietekmē visus biotopus un dzīvniekus un augus, kas tajos dzīvo. Keys ekosistēmu veido neliela zemes platība, tāpēc tiek palielināta cilvēka darbības ietekme. Ietekme ietver ūdens piesārņojumu, palielinātu invazīvo sugu daudzumu, pārzveju, laivošanas un pilsētu attīstības negatīvo ietekmi un globālās klimata pārmaiņas.
Cilvēku populācija apgabalā, kas pazīstams kā Dienvidaustrumu Florida vai Florida Keys, no 1970. līdz 2008. gadam ir pieaudzis par vairāk nekā 3,9 miljoniem. Apelsīnu birzis ir devušas vietu mājokļu attīstībai, sloksnes tirdzniecības centriem, rūpniecībai un lielceļiem. Šīs izmaiņas ir izraisījušas dabisko dzīvotņu iznīcināšanu. Turklāt ir palielinājies ūdens piesārņojums, ko izraisa notekūdeņu attīrīšana, septiskās pārplūdes un lietus ūdens notece, kas satur eļļu, pesticīdus un smagos metālus.
2010. gadā Keys apmeklēja 3,8 miljoni apmeklētāju. Daudzi no šiem apmeklētājiem nodarbojās ar tādām aktivitātēm kā makšķerēšana. Papildus tūristiem un iedzīvotājiem, kas nodarbojas ar šīm atpūtas aktivitātēm, komerciāla makšķerēšana šajā apkārtnē ir liela nozare. Pārzveja ir mazinājusi sugas Keys ekosistēmā, atstājot mazākas zivis un mainot sarežģītā barības tīkla mijiedarbību.
Laivošana šajā apvidū ir izraisījusi ne tikai tiešus lamantīnu ievainojumus, ko radījuši propelleri, bet arī propelleri ir radījuši rētas lielās jūraszāļu platībās. Laivas uzskrien uz sēkļa un sabojā koraļļu rifus, kad enkuri skrāpējas pāri šiem smalkajiem veidojumiem. Katru gadu atslēgās notiek vairāk nekā 500 zemējumu. Tas iznīcina dzīvotni un negatīvi ietekmē visu pārtikas ķēdi, izraisot turpmāku sugu zudumu.
Cilvēki, pārvietojoties, nes sev līdzi sugas no citām teritorijām, kuras var nokļūt ekosistēmā. Šīs sugas var apmesties un, tā kā tām nav plēsēju, tās kļūst par ļoti veiksmīgām, konkurējošām vietējām sugām un maina visas ekosistēmas dinamiku. Florida Keys invazīvie dzīvnieki un augi ietver lauvzivis un Gvinejas zāli. Paredzams, ka papildus visām šīm vietējām tiešajām un netiešajām sekām globālās sasilšanas ietekme sildīs ūdeņus par 4 līdz 10 grādiem pēc Fārenheita un paaugstina jūras līmeni, iespējams, izraisot izmaiņas, kas ekosistēmai ir pārāk straujas remonts.