Lyse ir vārds, kas nāk no grieķu valodas un nozīmē tikai “sadalīt” vai “pārsprāgt”. attiecas uz to, kas notiek ar šūnām lizēšanas buferī - risinājums, kas tās pārrauj, lai tās iegūtu saturs. Zinātnieki izmanto lizēšanas buferus, kad analīzei ekstrahē DNS vai olbaltumvielas no šūnām, īpaši baktēriju gadījumā. Šūnu lizēšanas bufera tips mainās atkarībā no eksperimenta veida, lai gan tālāk ir dažas izplatītas izvēles iespējas.
TL; DR (pārāk ilgi; Nelasīju)
Līzes buferi palīdz sadalīt atvērtās šūnas, tāpēc to saturam var piekļūt vai to noņemt. Daži piemēri ietver sāļus, mazgāšanas līdzekļus, helātus veidojošus līdzekļus un inhibitorus, kā arī dažas sārmainas ķīmiskas vielas.
Buferis un sāls
Buferi stabilizē pH līmeni, kamēr šūnas sadalās. Tris-HCL ir viena no visbiežāk izmantotajām ķimikālijām buferēšanai pie pH 8. HEPES ir vēl viena izplatīta buferķīmiska viela šajos eksperimentos. Nātrija hlorīda sāls var arī paaugstināt jonu spēku, kopējo izšķīdušo vielu koncentrāciju ārpus šūnām. Šim pēdējam punktam ir zināma nozīme, jo ūdens var izplatīties pa šūnu membrānām no reģioniem ar zemu izšķīdušo vielu koncentrāciju uz reģioniem ar augstu izšķīdušo vielu koncentrāciju.
Mazgāšanas līdzekļu izšķīdināšana
Mazgāšanas līdzekļi izšķīdina šūnu membrānas, lai šūnas saturs varētu izkļūt. Molekulārā struktūra un amfipātiskā struktūra (t.i., molekulas ar vienu galu, kas viegli mijiedarbojas ar ūdens molekulām, bet otra hidrofobā vai "ūdens biedējošā" gala nedarbojas). Viņi var izšķīdināt taukus, veidojot micellas, mazas kopas, kur mazgāšanas līdzekļu molekulu hidrofobās astes ir vērstas uz iekšu tauku molekulu virzienā. Parasti mazgāšanas līdzekļi ietver nātrija dodecilsulfātu vai SDS, NP-40 un tritonX.
Helātu veidotāji un inhibitori
Līzes buferos parasti ietilpst arī helātus veidojošie līdzekļi, piemēram, etilēndiamīntetraetiķskābe (EDTA) vai etilēnglikola tetraetiķskābe (EGTA). Šīs ķīmiskās vielas saistās ar metāla joniem ar diviem pozitīviem lādiņiem (piemēram, magniju un kalciju), tādējādi padarot tos nepieejamus citām reakcijām. Daudzām DNS (olbaltumvielām, kas košļāj DNS) un proteāzēm (olbaltumvielām, kas šķeļ citus proteīnus) nepieciešami magnija joni funkciju, tāpēc, atņemot viņiem šo galveno sastāvdaļu, EDTA un EGTA palīdz samazināt proteāzes vai DNSse līmeni aktivitāte. Tomēr tie to neizslēdz pilnībā, un dažas proteāzes nav atkarīgas no magnija kofaktoriem, tāpēc lizēšanas buferi dažreiz ietver arī ķīmiskas vielas, ko sauc par proteāžu inhibitoriem, kas saistās ar proteāzēm un novērš to darbību pareizi.
Sārmaina lizēšana
Sārmainā lizēšana, ļoti izplatīta metode plazmīdu attīrīšanai no baktērijām, ietver trīs šķīdumus. Pirmais satur glikozi, tris-HCL buferšķīdumu, EDTA un RNS. Glikoze rada augstu izšķīdušās vielas koncentrāciju ārpus baktērijām, tāpēc tās kļūst nedaudz ļenganas, kas atvieglo to lizēšanu. EDTA un tris-HCL darbojas kā jau aprakstīts, savukārt RNSse sakošļās jebkuru RNS šūnas iekšpusē, lai to izkļūtu no ceļa. Otrais risinājums faktiski iznīcina šūnas. Šis satur SDS mazgāšanas līdzekli un NaOH, kas paaugstina pH līmeni līdz 12 vai augstāk, denaturējot olbaltumvielas šūnas iekšienē un izraisot DNS atdalīšanos atsevišķos pavedienos. Trešais šķīdums satur kālija acetātu, lai atjaunotu pH līmeni neitrālākā līmenī, lai plazmīdās DNS virknes varētu atgriezties. Pa to laiku denaturētie proteīni salīp un nogulsnējas, kamēr nāk dodecilsulfāta joni kopā ar kālija joniem veido nešķīstošu savienojumu, kas arī izgulsnējas no šķīduma.
