Atšķirībā no ezeriem un dīķiem upes ir atvērtas sistēmas, kur notiek bieža ūdens apmaiņa. Neskatoties uz šo faktu, organismiem, kas ir atkarīgi no upēm, ir vajadzīgs zināms līdzsvars. Dažādi rādītāji norāda upes kvalitāti. Šie mērījumi ietver izšķīdušo skābekli, temperatūru un pH, kas ir ūdeņraža jonu koncentrācijas mērs.
PH mērīšanas skala ir no 0 līdz 14 ar 7 vai zemāku, kas apzīmē skābu vidi, un rādījums virs 7 norāda uz sārmainu vidi.
Pētījums, kas publicēts žurnālā Nature, tieši saistīja skābumu Norvēģijas upēs un ezeros ar skābo lietu, kas iznīcināja vietējo lašu un foreļu populācijas.
Zems pH līmenis izraisa zivju nogalināšanu, sasprindzinot dzīvnieku sistēmas un nodarot fizisku kaitējumu, kas savukārt padara tās neaizsargātākas pret slimībām.
Citi ārējie faktori, kas var izraisīt upes pH svārstības, ir lauksaimniecības notece, skāba raktuve drenāža (AWD) un fosilā kurināmā emisija, piemēram, oglekļa dioksīds, kas, izšķīdinot upē, rada vāju skābi ūdens.
PH līmeņa pārbaude norāda parauga skābumu vai sārmainību. Upēm ir zināma spēja novērst pH izmaiņas ar upes gultnes struktūru un sastāvu. Tomēr krasas pH izmaiņas var nelabvēlīgi ietekmēt upju veselību.