Kaut arī dziļās, tumšās alu vides šķiet, ka tās nekad nevarētu atbalstīt augu dzīvi, daži floras veidi šajā vidē plaukst. Alas mēdz būt mitras un tām ir nemainīga temperatūra, ekoloģija, kas ir ideāli piemērota tādiem augiem kā sēnītes, sūnas un aļģes. Augi var augt pat elektriskajās gaismās, kuras cilvēki ņem līdzi alu izpētei.
Alu zonas
Alas ir sadalītas trīs zonās: ieeja, krēsla un tumsa. Ieejas zonā joprojām ir daudz gaismas, lai atbalstītu daudzu veidu augus, piemēram, kokus un zāles. Krēslas zonā nedaudz gaismas spēj iekļūt, bet ar to nepietiek, lai atbalstītu lielāko daļu augu dzīves. Tomēr daži augi šajā zonā spēj izdzīvot, piemēram, sūnas un papardes. Tumšajā zonā nav dabiskas gaismas, un tā var atbalstīt tikai visizturīgākos augus, piemēram, sēnītes un aļģes.
Augi krēslas zonā
Samazinoties gaismas daudzumam, samazinās arī augu dzīves lielums un sarežģītība. Tā kā ieejas zonā var augt ziedoši augi, krēslas zonu parasti iezīmē sūnas un papardes. Augi, kas dzīvo šajā alas reģionā, ir izstrādājuši pielāgojumus, kas ļauj viņiem dzīvot tik vāja apgaismojuma apstākļos. Viena no šādām adaptācijām ir tā, ka to hloroplasti, saules gaismu uztverošās molekulas augā, visi pulcējas tās šūnas malā, kas ir vistuvāk gaismas avotam.
Augi tumšajā zonā
Kaut arī tumšajā zonā gandrīz nav gaismas, augi joprojām var augt. Īpaši sēnes ir prasmīgas, lai dzīvotu šajās tumšajās vietās. Sēnītes plaukst īpaši labi, jo alas ir pilnas ar barības vielām bagātu sikspārņu guano, kas ir ideāla augsne sēnēm. Aļģes var dzīvot arī alu tumšākajās vietās. Tā vietā, lai izmantotu fotosintēzi, šīs aļģes enerģijas ražošanai var izmantot citu vielmaiņas ceļu.
Lampenflora
Augi var augt arī alās, kas aprīkotas ar elektriskām gaismām. Šie augi, kas pazīstami kā lampenflora, mēdz būt mazāk dzīvas krāsas un nedaudz izkropļoti. Parasti lampenflora ir sūnas, papardes un aļģes. Alās, kuras pastāvīgi apgaismo lampas, šie invazīvie augi var radīt problēmas alas dabiskajai struktūrai vai jebkurai aizvēsturiskai sienas mākslai. Lampenflora to kaitīgā rakstura dēļ parasti tiek kontrolēta ar fiziskām, ķīmiskām un bioloģiskām metodēm.