Fosilijas tiek saglabātas divos galvenajos veidos: ar izmaiņām un bez izmaiņām. Saglabāšana ar izmaiņām ietver karbonizāciju, pārakmeņošanos, pārkristalizāciju un aizstāšanu. Saglabāšana bez izmaiņām ietver veidņu izmantošanu un netiešu pierādījumu vākšanu.
Karbonizācija
Karbonizācija bieži notiek augu un mīksto organismu saglabāšanā. Augu vai dzīvnieku atliekas tiek sasmalcinātas zem klints svara. Karstuma un saspiešanas procesā gāzes, ieskaitot ūdeņradi, slāpekli un skābekli, tiek gāzētas. Tas, kas paliek pāri, ir oglekļa plēve, iespaids par bijušo dzīvo būtni.
Pārakmeņošanās
Dažreiz to sauc par permineralizāciju, pārakmeņošanās notiek, kad porains materiāls, piemēram, kauls vai apvalks, tiek piepildīts ar konservējošu materiālu, piemēram, kalcija karbonātu vai silīcija dioksīdu. Sākotnējais apvalks vai kauls tiek aprakts zem zemes, un ūdens iekļūst virsmā. Gruntsūdeņos ir kalcija karbonāts, kas aizpilda materiāla tukšās vietas, kas laika gaitā sacietē un piepilda poras ar minerālvielām, kas saglabā priekšmetu.
Pārkristalizācija
Rekristalizācija bieži notiek čaulas fosilijās, un tas ir process, kurā kristalizējas mazā molekula čaumalas iekšpusē, kas bieži veidojas no viena veida kalcija karbonāta, var pārveidoties par cita veida kalciju karbonāts. Tas stabilizē čaumalu un pārvērš to par fosiliju.
Aizstāšana
Notiek gan vēžveidīgajos, gan koksnē, aizstāšana ir tad, kad sākotnējās dzīvās būtnes atomu sastāvs tiek aizstāts ar šūnu ar jaunu ķīmisko struktūru. Parasti ķīmisko vielu, kas aizstāj oriģinālu, nosaka gruntsūdeņi, kuros fosilija atrodas. Izplatīts aizstāšanas veids ir silifikācija. Tas ir tad, kad sākotnējās dzīvās atliekas tiek aizstātas ar silīcija dioksīdu, tāpat kā pārakmeņojušos mežos.
Casting
Liešana un formēšana ir netiešs fosiliju saglabāšanas veids. Šajā gadījumā netiešs nozīmē, ka organiskās vielas ķīmiskais sastāvs nemainās, drīzāk tas satur vielu, kas rada vielas iespaidu. Parastie piemēri ir papardes lapu un gliemežvāku liešana.
Trace fosilijas
Izsekot fosilijām ir vēl viens fosiliju netiešās saglabāšanas veids. Fosiliju izsekošanas piemēri ir pēdas un takas. Dinozauri un citi aizvēsturiski dzīvnieki pārvietojās pa pamežu un pa augsnes virskārtu, kas vēlāk tika pārklāta ar citiem gružiem. Dažos gadījumos to pēdas tika saglabātas, un tās var izrakt un izgriezt no zemes. Vēl viens fosilijas izsekošanas piemērs ir dzīvnieku mēsli. Konservēts, pārakmeņojies mēsls fosiliju ekspertiem sniedz pierādījumus par seniem pārtikas avotiem un aizvēsturiskās gremošanas sistēmas struktūru.