Koraļļu rifi ir pārkaļķojušās jūras struktūras, ko veido koraļļu eksoskeleti, un trīs galvenie augu veidi kas mijiedarbojas ar koraļļu rifiem, ir aļģes, jūras zāles un mangrovju augi, aļģes sadalot sarkanās un zaļās šķirnes. Daudzi no šiem jūras augiem nāk par labu koraļļu rifiem. Koraļļu rifu ekosistēmās ietilpst arī plašs faunas klāsts, un tās ir vienas no dinamiskākajām ekosistēmām uz Zemes.
Sarkanās aļģes un koraļļu rifi
Noteiktam sarkano aļģu tipam, ko sauc par koraļļu aļģēm, var būt liela loma koraļļu rifu stabilitātes veicināšanā. Korallīnes aļģes savās šūnu sienās nogulsnē aizsargājošu kalciju, un šīs inkrustētās aļģes darbojas, lai cementētu dažādus koraļļus, uzlabojot rifa struktūru. Geniculate corallines ir inkrustēta kokveidīga struktūra, kas ir nedaudz elastīga dažu nekalcificētu apgabalu dēļ. Nongeniculate corallines ir lēni augoša garoza, kas papildus koraļļiem var piestiprināties pie akmeņiem, čaumalām, citām aļģēm un jūras zālēm.
Zaļās aļģes un koraļļu rifi
Zaļās aļģes veido vēl vienu jūras augu grupu, kas ir pielāgojusies izdzīvošanai uz koraļļu rifiem. Faktiski koraļļu zaļās aļģes ir tik veiksmīgas noteiktās jomās, ka tās faktiski kļūst par draudu viņu saimniekiem. Kad koraļļu rifu un zaļo aļģu attiecības ir līdzsvarā, aļģes aug uz rifa un nodrošina barību ganāmām zivīm. Tomēr, kad piekrastes notekūdeņu veidā nonāk liels barības vielu pieplūdums, aļģu kopiena tiek uzlādēta, eksplodē pēc izmēra un līdz ar to samazina koraļļiem labvēlīgu baktēriju klātbūtni, vienlaikus veicinot kaitīgo augšanu baktērijas.
Jūraszāles un koraļļu rifi
Kā daļu no svarīgas ekoloģiskas trīspusējas mijiedarbības ar koraļļu rifiem un mangrovēm jūraszāles mēdz zelt piekrastes dzīvotnēs. Ūdeņi, kurus koraļļu rifi pasargā no okeāna viļņiem, ļauj jūraszālēm iesakņoties, savukārt pretī jūraszāles lēni uz leju un noķer nogulsnes, neļaujot sedimentu slodzei ūdenī kļūt pārāk lielai koraļļiem izdzīvot. Jūraszāļu pļavās var būt vairākas dažādas sugas, un tās sasniedz tikai tādu dziļumu, kādu pieļauj fotosintēzes prasības.
Mangrovju un koraļļu rifi
Tāpat kā jūras zāles, arī mangrovju ziedi, pateicoties aizsardzībai pret vardarbīgiem okeāna viļņiem, ko piedāvā koraļļu rifi. Mangrovju labums ir gan jūras zālēm, gan koraļļu rifiem, galvenokārt mazinot krasta līnijas eroziju un tādējādi novēršot kaitīgu nogulumu daudzumu iekļūšanu piekrastes ūdeņos. Mangrovju meži darbojas arī kā buferzona piesārņojuma notecei, jo īpaši ar barības vielām bagātiem notekūdeņiem, kas var izjaukt koraļļu rifu – jūraszāļu pļavu – mangrovju mežu sistēmas ekoloģisko līdzsvaru. Mangrovju jūras saknes darbojas arī kā kritiskas audzētavas daudzām piekrastes zivju sugām.