Tiek lēsts, ka 80 procenti pasaules zaļo ziedošo augu atrodas Amazones lietus mežā. 2,5 akriem Amazones lietus meža ir sastopamas apmēram 1500 augstāko augu sugas (papardes un skujkoki) un 750 koku veidi. Nav precīzi zināms, cik daudz Amazones lietus meža augu ir apdraudēti, taču var droši teikt, ka daudzi no tiem patiešām ir apdraudēti vai atrodas uz robežas. Daži no iemesliem ir orhideju mednieki, mežizstrāde, lauksaimniecība, mežu izciršana un komerciāla attīstība.
Orhidejas
Orhidejas ir vieni no visvairāk apdraudētajiem Amazones lietus mežu augiem. Ir vairāk nekā 25 000 orhideju sugu, un tās visas ir vai nu apdraudētas, vai apdraudētas. Daudzas sugas jau ir izmirušas. Šie ir lielākie ziedoši augi pasaulē, un tiem ir visdažādākās krāsas un formas. Orhidejas ziedēšana var būt lielāka par cilvēka roku un var izaugt līdz vairāku pēdu augstumam.
Rafflesia zieds
Šis Amazones lietus meža zieds tiek uzskatīts par vienu no retākajiem un visvairāk apdraudētajiem augiem pasaulē. Tā svars var pārsniegt sešas mārciņas un platums var sasniegt aptuveni vienu metru. Tā atgādina pasaku sēni ar sarkanām ziedlapiņām, iedeguma centru un ziedlapiņu mezgliem.
Mangrovju koki
Šie apdraudētie koki ir atrodami pie Amazones lietus meža piekrastes krastiem. Tie novērš eroziju, palēninot nogulumu plūsmu, virzoties pa upēm un straumēm, un tie aizsargā lietus mežu piekrasti.
Kapok koks
Šis lielais tropiskais koks var izaugt līdz 150 pēdu augstumam. Zari labi izstiepjas no stumbra un aug horizontālos līmeņos, padarot to par labu putnu ligzdošanas koku, un vainags ir lietussarga formas. Vardes vairojas un dzīvo bromēliju baseinos koka apakšējās daļās, un zīdītāji dzīvo augstajos zaros un tos izmanto arī kā lielceļus.
Ekvadoras lietus meža zieds
Šī apdraudētā auga zieds ir mazs, dzeltens un violets. Kā norāda nosaukums, tas ir atrodams Amazones lietus mežu Ekvadoras reģionā.
Bromeliādes
Amazones lietus mežā ir vairāk nekā 2700 bromeliadu sugu, un apmēram viena trešdaļa no tām ir apdraudētas. Daži bromeliādes ir tik smagas, ka tās var salauzt kokus, no kuriem aug. Ananāsi un spāņu sūnas ir divi no visbiežāk sastopamajiem bromeliadiem. Indes bultiņu vardes dēj olas apdraudētajā tvertnes bromeliādē.