Žemėje saulės energija varo vėjus; taigi Neptūne, kur saulė atrodo ne ką didesnė už žvaigždę, galima tikėtis silpno vėjo. Tačiau yra priešingai. Neptūnas turi stipriausius paviršiaus vėjus Saulės sistemoje. Didžiąją energijos dalį, kuri skatina šiuos vėjus, teikia pati planeta.
Palyginus su bet kuria iš milžiniškų dujų planetų, Žemės atmosfera yra ramybės baseinas. Jupiteryje vėjai Raudonojoje dėmėje siekia 618 kilometrų per valandą (384 mylių per valandą) greičio, kuris yra beveik dvigubai greitesnis nei stipriausio antžeminio uragano vėjas. Saturne vėjas viršutinėje atmosferos dalyje gali pūsti beveik tris kartus stipriau nei 1800 kilometrų per valandą greičiu (1118 mylių per valandą). Net šie vėjai užima antrąją vietą šalia Neptūno Didžiosios tamsiosios dėmės, kurią astronomai nustatė 1931 kilometru per valandą (1200 mylių per valandą) greičiu.
Kaip ir Jupiteris ir Saturnas, Neptūnas generuoja daugiau energijos, nei gauna iš saulės, ir ši energija, sklindanti iš planetos šerdies, skatina stiprius paviršiaus vėjus. Jupiteris spinduliuoja energiją, likusį nuo susidarymo, o Saturno skleidžiama energija daugiausia yra trinties, kurią sukelia helio lietus, rezultatas. Neptūne metano danga - tai yra šiltnamio efektą sukeliančios dujos - sulaiko šilumą. Jei planeta būtų kaip Uranas (kuriam trūksta vidinio energijos šaltinio), ta šiluma jau seniai būtų spinduliavusi į kosmosą. Vietoj to, nors temperatūra ir šalta, planeta spinduliuoja 2,7 karto daugiau šilumos, nei gauna iš saulės, kurios pakanka įnirtingam vėjui.