Atliekant gelio elektroforezę, DNR ar baltymų mėginiai atskiriami, paprastai atsižvelgiant į dydį, pritaikant elektrinį lauką, dėl kurio jie migruoja per gelį. Gelio elektroforezė yra įprasta biomedicinos tyrimų laboratorijose ir naudojama atsakyti į įvairius klausimus, todėl nėra universalaus rezultatų analizės būdo.
Pavyzdžiui, naudojami įvairūs metodai, tokie kaip Western blot, Northern blotting ir Southern blotting elektroforezė geliu.
Jei darai agarozės gelis DNR mėginių elektroforezė, dažniausiai pasitaikanti procedūra, paprastai turėsite atlikti bent du dalykus: 1) atskirti nepjaustytus plazmidės iš įdėklų, priskirtos plazmidės ir supjaustytos plazmidės ir 2) įvertina įvairių DNR fragmentų dydį standartine kreive „Excel“ arba skaičiuoklė.
Patikrinkite laboratorijos užrašų knygelę, kad nustatytumėte, kurie mėginiai buvo įkelti į kokias juostas. Kai įkeliate duobutes savo geliui, turėtumėte pažymėti kiekvienos juostos / mėginio tapatybę.
Liniuote išmatuokite savo nuotraukos atstumą nuo šulinių iki sekimo dažų, kuris tai padarys nukeliavo toliau nei bet kuri DNR juosta (kitaip tariant, ji bus DNR apačioje gelis). Įrašykite šį skaičių - jūsų naudojami vienetai nėra svarbūs.
Išmatuokite atstumą savo nuotraukoje nuo šulinių iki kiekvienos „kopėčių“ juostos, tada padalykite tą atstumą iš nuvažiuoto atstumo. sekimo dažai juosta. Šis skaičiavimas pateikia santykinį kiekvienos juostos mobilumą.
Pavyzdys: Tarkime, kad dažų dažymo juosta nuvažiavo 6 colius, o mes turime tris juostas, kurios nuvažiavo 5, 4,5 ir 3,5 colio.
Koks jų santykinis mobilumas? Atsakymas: Mes padalijame 5, 4,5 ir 3,5 iš 6, kad gautume santykinį judrumą 0,833, 0,75 ir 0,5833.
Gamintojas nurodo kiekvieno jų tiekiamų kopėčių fragmento dydį, todėl šią informaciją jau turėtumėte turėti.
Norėdami pritaikyti lygtį duomenims, naudokite skaičiuoklės programos „Trendline“ funkciją. Ši lygtis turėtų būti galios lygtis (pvz., X ^ -2) ir palyginti gerai atitikti duomenis (R koeficientas ne mažesnis kaip 0,9). Tai sukuria kreivę ir standartinę kreivę „Excel“.
Atminkite, kad mažesni DNR fragmentai keliauja toliau per gelį nei dideli DNR fragmentai, todėl arčiausiai sekimo dažų bus mažiausi. Tačiau atkreipkite dėmesį, kad jei plazmidė (žiedinė) DNR yra nepjaustyta, ji taps „supervyniota“ arba susisuks kaip telefono laidas, dėl ko ji iš tikrųjų sukels toliau nei to paties dydžio tiesinė DNR.
Lygiai taip pat nevisiškai supjaustyta „pravardinė“ plazmidė keliaus a trumpesnis atstumas nei to paties dydžio tiesinė DNR. Vadinasi, jūs negalite įvertinti nepjaustytų plazmidžių dydžio iš savo gelio.
Suderinkite kiekvienos juostos juostas su pavyzdžiu, kurį įkėlėte į tą juostą, ir nustatykite, ar tai, ko matote, yra tai, ko tikėjotės. Tai priklausys nuo jūsų eksperimento pobūdžio.
Tačiau apskritai, jei suvirškinsite intarpo plazmidę su dviem restrikcijos fermentais, galite tikėtis, kad intarpas bus išlaisvintas iš plazmidės.
Kadangi ji yra daug mažesnė už plazmidę, tikėtina, kad toje juostoje pamatysite dvi juostas: vieną šalia viršaus, kitą žemyn - apačią. Plazmidė, supjaustyta tik vienu restrikcijos fermentu, turėtų sudaryti tik vieną juostą, kuri eina šiek tiek toliau nei plazmidė, supjaustyta dviem restrikcijos fermentai, bet nė iš tolo iki pat įdėklo.
Išmatuokite atstumą nuo duobučių iki nupjautos plazmidės ir liniuote įkiškite juostas. Padalinkite šiuos skaičius iš atstumo, kurį nuvažiavo stebėjimo dažai, kad rastumėte santykinį įdėklų ir supjaustytų plazmidžių mobilumą.
