Bakterijos yra maži, vienaląsčiai organizmai, naudingi ir kenksmingi žmonėms. Kai kurios bakterijų formos padeda mums gyventi, pavyzdžiui, tos, kurios padeda suskaidyti maistą žarnyne. Kitos formos, pavyzdžiui, bakterijos, sukeliančios buboninį marą, negydomos gali užmušti žmogų. Yra daug skirtingų bakterijų rūšių ir jos kvėpuoja skirtingais metodais. Du pagrindiniai bakterinio kvėpavimo metodai yra aerobinis kvėpavimas ir anaerobinis kvėpavimas.
Aerobiškai kvėpuojančioms bakterijų formoms gyventi reikia deguonies. Jie naudoja deguonį kaip kurą, kad padėtų deginti energiją ir aprūpintų gyvybei reikalinga energija. Šio tipo bakterinis kvėpavimas yra tas pats, kurį naudoja žmonės, taigi ir terminas „aerobinis pratimas“. Pagrindinis bakterijų aerobinio kvėpavimo šalutinis produktas yra anglies dioksidas.
Daugelis bakterijų rūšių kvėpuoja anaerobiškai. Kitaip tariant, jie gali praeiti kvėpavimo procesą be deguonies. Užuot naudoję deguonį, kad padėtų jiems sudeginti maiste esančią energiją, šio tipo bakterijos naudoja kitas natūralias chemines medžiagas, kad sukurtų chemines reakcijas ir išleistų jiems reikalingą energiją. Naudojamos natūralios cheminės medžiagos yra nitratai, sulfatai ir anglies dioksidas. Anaerobinis kvėpavimas bakterijose paprastai sukuria daug šalutinių produktų. Daugelis šių šalutinių produktų gali būti toksiški ar pavojingi žmonėms, įskaitant etanolį ir vandenilį.