XIX amžiuje taksonomija - gyvų organizmų klasifikacija - buvo visas biologijos pyktis. Tiek mėgėjai, tiek profesionalūs gamtininkai buvo taip įklimpę į būtybių rinkimo ir atpažinimo pamišimą, reti vabalai buvo karštos prekės. Tuo metu apie mikroorganizmus ir jų vietą gyvųjų pasaulyje buvo žinoma nedaug, o mikrobiologijos klasifikacijai nebuvo skiriama tiek daug dėmesio. Tarp dešimtmečių pastebimai išaugo mikrobų ir jų metodų žinojimas identifikuoti mikroorganizmus, o dalį šio padidėjimo rodo efektyvus mikroorganizmų klasifikavimas mikroorganizmai.
Taksonomijos komponentai
Taksonomiją sudaro trys komponentai: nomenklatūra, klasifikacija ir identifikavimas. Nomenklatūra paprasčiausiai priskiria rūšiai pavadinimą. Klasifikuojant rūšys sugrupuojamos pagal bendras savybes - kai kurios iš jų yra fizinės, o kitos - biocheminės. Identifikavimas yra organizmo savybių naudojimas siekiant nustatyti, kur jis priklauso klasifikavimo schemai. Šiuolaikinė taksonominė schema yra didžiausia, labiausiai įtraukianti grupė - domenai. Mažiausia grupė yra rūšis. Nuo labiausiai įtraukiančio iki konkretiausio lygiai veikia taip: domenas, karalystė, prieglobstis, klasė, tvarka, šeima, gentis ir rūšys. Pavyzdžiui, jūs esate Eukarya Animalia Chordata Mammalia Primate Hominidae Homo sapiens.
Mikroorganizmai ir domenai
Mikroorganizmai yra labai įvairūs. Jie nėra apibrėžti jokios konkrečios struktūros ar funkcijos, o tiesiog pagal dydį. Mikroorganizmai yra tokie nardytojai, kad patenka į visas tris skirtingas aukščiausio lygio klasifikacijas - visas tris sritis. Vienas domenas yra bakterijos, kitas yra archėjos, o galutinis - eukarya. Visi bakterijų ir archajų domenų nariai yra vienaląsčiai mikroorganizmai. Jos abi yra ląstelės be membranų, atskiriančios savo genetinę medžiagą nuo likusios ląstelės - membranos, apibrėžiančios branduolį. Taigi visos karalystės, phyla, klasės, eilės, šeimos, gentys ir rūšys, esančios bakterijose ir archaea domenuose, yra mikroorganizmai.
Vienkartiniai protistai
Eukarya yra organizmai, kurių ląstelėse yra branduolys. Daugelis eukariotų organizmų yra vienaląsčiai mikroorganizmai, tačiau daugelis kitų - pavyzdžiui, raudonmedžio medžiai ar jūs - ne. Taigi būtina papildoma klasifikacija. Karalystę Protista Eukarya srityje sudaro tik vienaląsčiai mikroorganizmai. Protistai yra suskirstyti į tris skirtingas phyla grupes: keturis skirtingus dumblius phyla, keturis skirtingus pirmuonis phyla ir du skirtingus pelėsių phyla. Tačiau visi šios filos organizmai - visi Protista karalystės atstovai - yra mikroorganizmai.
Mikroskopiniai grybai
Karalystė Grybai yra Eukarya srityje. Kai kuriuose grybuose esančiose phyla yra mikroorganizmų. Pavyzdžiui, „Zygomycota“ šeimoje yra mikroskopinių duonos formų, o „Ascomycota“ - mielėse, mikrobų pasėlių kenkėjuose ir parazituose. Kerpės yra simbiotinis grybelio ir fotosintetinio organizmo susibūrimas, esantis iš dalies grybų karalystėje, iš dalies kitose karalystėse ar net kitose srityse.