Bene svarbiausias būdas, kuriuo pelėsių sporos skiriasi nuo bakterijų endosporų, yra tas, kad pelėsiai priskiriami vadinamiesiems aukštesniems grybams. Kaip tokie jie apibūdina tai, ką biologai įvardija kaip eukariotinių ląstelių tipą. Kita vertus, bakterijų endosporos susidaro iš bakterijų, kurios yra priskiriamos prokariotinių ląstelių tipui. Skirtumas tarp prokariotinės ląstelės ir eukariotinės ląstelės yra esminis biologijoje. Kalbant paprasčiausiai, bakterijų ląstelė yra struktūriškai daug paprastesnė.
Eukariotinė ląstelė, kaip ir pelėsių sporose, yra pilna ląstelių struktūrų komplekso, vadinamo organelėmis. Organellai atlieka visų rūšių ląstelių funkcijas, o vienas iš labiausiai pastebimų organelių yra branduolys. Pelėsių sporų eukariotinės ląstelės branduolyje yra DNR, leidžianti ląstelei veikti ir daugintis. Tai priešingai nei bakterijų endosporos, kuriose DNR ląstelių citoplazmoje yra daugiau ar mažiau laisva.
Be branduolio, eukariotinės pelėsių sporos ląstelėje yra tokių organelių kaip endoplazminis tinklas arba ER. ER iš esmės yra tarsi sulankstytų membranų labirintas, kuriame atliekama daug ląstelei gyvybiškai svarbių biocheminių procesų. Pelėsių sporose ER yra sujungta su branduolio apvalkalu, membrana, kuri supa ląstelės branduolį. Bakterijų endosporose šio susitarimo nėra.
Bakterijų endosporose beveik nėra ląstelių rafinuotumo lygio, esančio eukariotinių pelėsių sporose. Kitas skirtumas tarp bakterijų endosporų ir pelėsių sporų - be jų esminio ląstelių tipo skirtumo - yra jų vaidmuo jų atitinkamų organizmų gyvenimo istorijose. Bakterijos endospora yra atspari struktūra, susidaranti bakterijos ląstelėje. Skirtingai nuo pelėsių sporų, bakterijų endospora yra specialiai pritaikyta atsispirti nepalankioms aplinkos sąlygoms. Pagrindinis bakterijų endosporų bruožas yra junginys, vadinamas dipikolino rūgštimi. Šis junginys, nors ir nėra paplitęs pelėsių sporose, yra svarbus tarpininkaujant bakterijų endosporų atsparumui nepalankioms aplinkos sąlygoms.
Yra daugybė kitų skirtumų tarp bakterijų endosporų ir pelėsių sporų. Daugelis jų vėlgi yra susiję su esminiu skirtumu tarp eukariotinės ir prokariotinės ląstelės. Daugelis kitų organelių, be jau aprašytų, yra pelėsių sporoje, bet jų nėra bakterijų endospore. Tai apima struktūrą, vadinamą „Golgi“ aparatu, ir panašias į vadinamąjį branduolį. Branduolys yra struktūra eukariotinių ląstelių branduolyje ir yra aktyvi baltymų sintezėje, svarbi ląstelių funkcijai. Bakterinės endosporos atlieka daug tų pačių esminių gyvenimo funkcijų, kaip ir pelėsių sporos, tačiau tai daro be pelėsio sporoje esančių rafinuotų organelių pranašumų.