DNR analizė apima skirtingų tipų molekulinius eksperimentus ir biologines procedūras. DNR yra trapi ir sudėtinga žaliava, todėl norint ją tvarkyti ir analizuoti reikia geriausios kokybės ir gryniausio chemikalų paruošimo. Priklausomai nuo analizės, DNR tyrime dalyvauja šimtai chemikalų, pradedant rūgštiniais ir baziniais tirpalais, baigiant buferiais ir dažais. Suprasti, kodėl naudojamos kai kurios cheminės medžiagos, yra raktas norint atlikti sėkmingus eksperimentus ir gauti tikslius, patikimus ir atkuriamus rezultatus.
Etilendiamintetraacetatas DNR gryninimui
Moksliniam darbui gryninamos trijų tipų DNR: genomo DNR (genominė DNR), visa ląstelės DNR (bendra DNR) arba iš plazmidžių, kurios gali savaime daugintis. Viso ląstelės DNR gryninimo metu naudojamos cheminės medžiagos, kurios ląstelių lizės metu leidžia sunaikinti daugelį ląstelės membranų. Cheminis etilendiamintetraacetatas (EDTA) dažnai naudojamas magnio jonams, reikalingiems palaikyti ląstelių sienelių nelankstumas, todėl jos susilpnėja tiek, kad jos griūva arba plyšta, todėl ląstelės turinys ir DNR išsiskiria analizė. Be to, EDTA apsaugo ir išsaugo DNR vientisumą, slopindamas ląstelėje paprastai esančius fermentus, kurie gali suskaidyti DNR ir padaryti ją netinkama naudoti.
Magnio chloridas DNR amplifikacijai
Polimerazės grandininė reakcija (PGR) yra sudėtingas analizės metodas, naudojamas sustiprinti kelis tūkstančius DNR molekulės kopijų, tačiau jis yra kupinas techninių problemų ir netikslumų. Todėl daugelis mokslininkų reguliariai atlieka keletą skirtingų PGR rinkinių, kad surastų optimaliausią konkretaus dominančio geno būklę ir parametrus. Viena cheminė medžiaga, naudojama tokiai optimizacijai atlikti, yra magnis, stabilizuojantis DNR polimerazės fermentą, naudojamą PGR, ir veikia kaip esminis fermento aktyvumo veiksnys. PGR atveju magnis naudojamas kaip magnio chlorido buferis.
Etidžio bromidas DNR dažymui
Etidžio bromidas yra dažai, kurie jungiasi prie DNR, paslydę tarp nukleotidų, kurie sudaro DNR dvigubą spiralę procese, vadinamame interkaliacija. Tada šiuos dažus galima apšviesti ultravioletine lempa, kad būtų galima vizualizuoti DNR, prie kurios buvo prijungtas etidžio bromidas. Tačiau norint, kad etidžio bromidas būtų tinkamai matomas, reikia bent 1 nanogramo DNR, todėl tai yra vienas iš būdų nustatyti PGR sustiprintą DNR. Nors pigi ir plačiai naudojama, ji taip pat yra mutageninė cheminė medžiaga, sukelianti vėžį, todėl jos naudojimas laboratorijose yra labai reglamentuojamas ir daugelis mokslininkų pereina prie mažiau toksiškų alternatyvų.