Misisipės upėje gyvena įvairūs vandens augalai ir gyvūnai sudėtingoje, tarpusavyje susijusioje ekosistemoje. Vandens augalai suteikia maistą ir prieglobstį daugeliui skirtingų upės rūšių, jie gali būti tokie pat maži kaip vienaląsčiai dumbliai. Misisipės upėje yra daugybė gyvūnų, pradedant bestuburiais, baigiant žuvimis, varlėmis ir kt.
Dumbliai
Ajovos gamtos išteklių departamento duomenimis, Misisipėje yra dviejų pagrindinių dumblių rūšių: žaliųjų ir mėlynai žaliųjų. Žalieji dumbliai yra pagrindinis bet kurios sveikos ekosistemos biologinis komponentas; jie sukuria dideles kolonijas, kurios vandeniui gali suteikti žalsvą atspalvį. Mėlynai žalieji dumbliai yra mažiau pageidautini ir laikomi nemaloniais dumbliais. Jie siejami su įtemptomis ekosistemomis ir gali sukelti nemalonų žuvų skonį arba užmušti visas populiacijas.
Antis
Šis dažnas laisvai plaukiojantis augalas turi vieną mažą lapelį ir šaknis, kurios kabo vandenyje, kad siurbtų maistines medžiagas. Kaip rodo jo pavadinimas, antis yra svarbus maisto šaltinis daugeliui vandens paukščių.
Vandens lelijos
Baltosios vandens lelijos yra dažna Misisipės upės vieta ir susideda iš didelių, plaukiojančių, odiškos tekstūros lapų. Jie išaugina dideles baltas gėles ant lapų viršaus ir yra įsišakniję žemiau esančiame purve.
Vėžiai
Šie vėžiagyviai, dar vadinami langustais ar langeliais, primena mažus omarus. Jie pirmiausia yra dugno tiektuvai ir vartoja kitų gyvūnų, mėsos ir mažų gyvūnų nutekėjimus. Misisipės upėje gyvena tiek vietiniai, tiek invaziniai vėžiai.
Šamas
Lamanšo sąsiauris yra dažnas Misisipės upės vaizdas. Jie yra gausiausias šamo tipas. Šios žuvys gali išaugti iki stebėtino dydžio ir pirmiausia laikytis upės dugne. Jie pasižymi savo polinkiu daužyti daug įvairių rūšių masalų, tačiau juos reikia valgyti retai dėl PCB (polichlorinto bifenilo) užteršimo pavojaus.
Leopardo varlė
Šios dėmėtos varlės dar vadinamos pievinėmis varlėmis. Jie gyvena Misisipės upėje ir aplink ją. Jie dažnai tarnauja kaip aplinkos indikatorių rūšys dėl savo jautrumo teršalams ir teršalams. Didžiąją laiko dalį jie praleidžia upelių pakraščiuose ir kituose vandens telkiniuose, dažniausiai valgo vabzdžius, nariuotakojus ir kitus bestuburius.