Koraliniai rifai yra kalcifikuotos jūrų struktūros, suformuotos koralų egzoskeleto ir trijų pagrindinių augalų rūšių sąveikaujantys su koralų rifais, yra dumbliai, jūros žolės ir mangrovės, dumbliai skirstomi į raudonus ir žalius veislių. Daugelis šių jūros augalų naudingi koralų rifams. Koralinių rifų ekosistemos taip pat apima platų faunos spektrą ir yra vienos gyvybingiausių Žemės ekosistemų.
Raudonieji dumbliai ir koraliniai rifai
Tam tikros rūšies raudonieji dumbliai, vadinami koralino dumbliais, gali atlikti svarbų vaidmenį skatinant koralų rifų stabilumą. Koralinų dumbliai ląstelių sienelėse kaupia apsauginį kalcį, o šie inkrustuoti dumbliai sujungia įvairius koralus, sustiprindami rifo struktūrą. Geniculate corallines turi inkrustuotą medį panašią struktūrą, kuri yra šiek tiek lanksti dėl kai kurių nekalifuotų sričių. Nongeniculate corallines yra lėtai augančios plutos, kurios, be koralų, gali prikibti prie uolų, kriauklių, kitų dumblių ir jūros žolių.
Žalieji dumbliai ir koralų rifai
Žalieji dumbliai sudaro dar vieną jūrinių augalų grupę, kuri prisitaikė išgyventi koralų rifuose. Tiesą sakant, koralų žalieji dumbliai tam tikrose vietovėse yra tokie sėkmingi, kad iš tikrųjų tampa grėsme jų šeimininkams. Kai koralinio rifo ir žaliųjų dumblių santykis yra pusiausvyroje, dumbliai auga ant rifo ir suteikia maistą ganomoms žuvims. Tačiau, kai pakrančių nuotekų pavidalu gausu maistinių medžiagų antplūdžio, dumblių bendruomenė tampa perpildyta, sprogsta dydžio ir dėl to sumažėja bakterijų, kurios yra naudingos koralams, tuo pačiu skatinant kenksmingų dauginimąsi bakterijos.
Jūros žolės ir koralų rifai
Vykdant svarbią ekologinę trijų krypčių sąveiką su koralų rifais ir mangrovėmis, jūros žolės paprastai klesti pakrančių buveinėse. Koralų rifais nuo vandenyno bangų apsaugoti vandenys leidžia įsišaknyti jūros žolėms, o mainais jūrų žolės lėtai žemyn ir sulaiko nuosėdas, neleidžiant nuosėdų krūviui vandenyje tapti per didelei, kad koralai galėtų išgyventi. Žolinių pievose gali būti kelios skirtingos rūšys, jos pasiekia tik gelmes, kurias leidžia fotosintezės reikalavimai.
Mangrovės ir koralų rifai
Kaip koralų rifų apsauga nuo smurtinių vandenyno bangų, kaip ir jūros žolės, klesti mangrovės. Mangrovės naudingos ir jūros žolėms, ir koralų rifams, visų pirma mažindamos kranto linijos eroziją ir taip užkertant kelią kenksmingam nuosėdų kiekiui patekti į pakrančių vandenis. Mangrovių miškai taip pat veikia kaip buferinė taršos nuotėkio zona, ypač daug maistingųjų medžiagų turinčių nuotekų, kurios gali sutrikdyti koralų rifų – jūros žolių pievų – mangrovių miškų sistemos pusiausvyrą. Jūrinės mangrovių šaknys taip pat veikia kaip kritiniai daigynai daugeliui pakrančių žuvų rūšių.