Manoma, kad 80 procentų žaliai žydinčių augalų yra Amazonės atogrąžų miške. 2,5 hektaro Amazonės atogrąžų miške galima rasti apie 1500 rūšių aukštesnių augalų (paparčiai ir spygliuočiai) ir 750 rūšių medžių. Nežinoma, kiek Amazonės atogrąžų miškų augalų yra nykstantys, tačiau galima drąsiai teigti, kad daugeliui jų iš tikrųjų gresia pavojus arba jie yra ties riba. Kai kurios priežastys yra orchidėjų medžiotojai, kirtimai, ūkininkavimas, miškų kirtimas ir komercinė plėtra.
Orchidėjos
Orchidėjos yra vieni iš labiausiai nykstančių Amazonės atogrąžų miškų augalų. Yra daugiau nei 25 000 orchidėjų rūšių ir visos jos yra arba nykstančios, arba joms gresia pavojus. Daugelis rūšių jau yra išnykusios. Tai yra didžiausi žydintys augalai pasaulyje ir jų spalva ir forma yra įvairiausi. Orchidėjos žydėjimas gali būti didesnis už žmogaus ranką ir gali išaugti iki kelių pėdų aukščio.
Rafflesia gėlė
Ši Amazonės lietaus miško gėlė laikoma vienu iš rečiausių ir labiausiai nykstančių augalų pasaulyje. Jis gali sverti daugiau nei šešis svarus ir gali siekti maždaug vieną metrą. Raudonais žiedlapiais, įdegio centru ir žiedlapių mazgeliais jis primena pasakų grybą.
Mangrovių medžiai
Šie nykstantys medžiai yra palei Amazonės atogrąžų miško pakrantę. Jie užkerta kelią erozijai, sulėtindami nuosėdų srautą einant palei upes ir upelius, ir apsaugo lietaus miško pakrantę.
Kapoko medis
Šis didelis atogrąžų medis gali užaugti iki 150 pėdų aukščio. Šakos gerai išlenda iš kamieno ir auga horizontaliai, todėl tai yra geras paukščių inkilas, o vainikas yra skėčio formos. Varlės peri ir gyvena bromeliadų baseinuose, esančiuose apatinėse medžio dalyse, o žinduoliai - aukštose šakose, taip pat naudoja jas greitkeliais.
Ekvadoro lietaus miško gėlė
Šio nykstančio augalo gėlė yra maža, geltona ir violetinė. Kaip rodo pavadinimas, jis randamas Amazonės atogrąžų miško Ekvadoro regione.
Bromeliados
Amazonės atogrąžų miške yra daugiau nei 2700 bromeliadų rūšių, ir maždaug trečdalis jų yra nykstančios. Kai kurios bromeliados yra tokios sunkios, kad gali nulaužti medžius, iš kurių jie auga. Ananasai ir ispaniškos samanos yra dvi labiausiai paplitusios bromeliados. Nuodų rodyklės varlės deda kiaušinius nykstančioje tanko bromeliadoje.