Filipinai yra šalis, turtinga biologine įvairove ir endemizmu, turinti daug gamtos išteklių, kurie prisideda prie ekonomikos ir vietos bendruomenių. Jo pakrantės ir pakrančių buveinės yra ypač svarbios, nes žuvininkystė, žemės ūkis ir pramonė priklauso nuo šalies vandens kelių ir jūrų aplinkos. Grėsmė buveinių ir biologinės įvairovės nykimui kyla dėl įvairių praktikų, įskaitant žemės valymą, netvarią žvejybą ir taršą.
Miško dangos praradimas
2000–2005 m. Filipinai prarado daugiau nei du procentus savo miškingumo per metus. Tai buvo antras didžiausias rodiklis Pietryčių Azijoje. Nuo 2005 m. Manyta, kad pirminio miško liko tik trys procentai. Spartus miškų naikinimas sukelia įvairias grėsmes ekosistemai, įskaitant biologinės įvairovės nykimą, dirvožemio eroziją, potvynius, nuošliaužas ir blogesnę vandens kokybę. Miškams gresia komercinė kasyba ir medienos ruoša.
Koralų rifų degradacija
Filipinai yra pasaulinis jūrų krantų biologinės įvairovės centras. Neteisėtas koralų ir gyvų rifų žuvų rinkimas ir eksportas padarė didelį neigiamą poveikį biologinei įvairovei, koralų rifų būklei, jūros žolių dangai ir žuvų skaičiui. Tik 5 procentai rifų išlaiko daugiau kaip 75 procentus gyvų koralų dangos. Žlugdanti žvejybos praktika apima per didelę, tralų, dinamito ir cianidų žvejybą, kur cianidas ištirpinamas vandenyje ir išpurškiamas į rifus, o kitas grėsmes kelia tarša ir erozija.
Grėsmės mangrovėms
Grėsmė mangrovams yra per didelis derliaus nuėmimas, tarša ir žemės sklypų pašalinimas žemės ūkio ir žmonių gyvenvietėms. Krevečių auginimas padaro beveik negrįžtamą ir ekonomiškai brangią žalą rajonui, o tai dar labiau rūpi, nes krevečių ūkiai tampa nuostolingi tik po trejų ar penkerių metų. Mangrovių sunaikinimas taip pat susijęs su koralų rifų degradavimu, nes rifai apsaugo mangroves nuo stiprių bangų ir srovių, kurios nuplauna smulkias nuosėdas, ant kurių auga mangrovės.
Biologinės įvairovės praradimas
Filipinai laikomi megabiodiversės šalimi. Jis turi daug unikalios floros ir faunos; iš tikrųjų beveik pusė sausumos stuburinių gyvūnų ir iki 60 procentų kraujagyslių augalų yra unikalūs šalyje. Biologinės įvairovės nykimo laipsnį atspindi kai kurie šokiruojantys atradimai. Nuo 2006 m. Šiek tiek daugiau nei 20 procentų stuburinių gyvūnų rūšių buvo įvertinta kaip grėsmė Tarptautinei gamtos apsaugos sąjungai. Maždaug 127 paukščių rūšys laikomos nykstančiomis, o vietinis Filipinų kakadu, kadaise paplitęs, dabar yra kritinis pavojus.