ვისკონსინის უნივერსიტეტის BioWeb ვებსაიტის თანახმად, PCR პრაიმერი არის მოკლე, სინთეზური ოლიგონუკლეოტიდი (ჩვეულებრივ 18 სიგრძის 25 ფუძემდე) გამოიყენება დნმ-ის კონკრეტული რეგიონების გასამრავლებლად მოლეკულური ბიოლოგიის ტექნიკაში, რომელიც ცნობილია როგორც პოლიმერაზული ჯაჭვური რეაქცია (PCR). საჭიროა როგორც წინა, ისე უკანა პრაიმერი, რომელიც შექმნილია დნმ – ის ძაფის უკუქცევადი კომპლემენტებისთვის, რათა მოხდეს დნმ – ის სასურველი რეგიონის ფლიგრაცია და შეერთება. როდესაც მეცნიერებს სურთ შეისწავლონ დნმ-ის კონკრეტული გენი ან რეგიონი, მათ ჯერ უნდა ჩაატარონ PCR, რომ შეიძინონ საკმარისი სამიზნე რეგიონი, რომელთანაც უნდა იმუშაონ. დაინტერესებული რეგიონისთვის პრაიმერის თანმიმდევრობის შექმნა შეიძლება საჭირო გახდეს, თუ ისინი უკვე არ არის ხელმისაწვდომი ადრე გამოქვეყნებული კვლევის ან კომერციული საშუალებებით.
მიიღეთ გენი ან დნმ-სთვის საინტერესო რეგიონის ნუკლეოტიდების მიმდევრობა და გადაწყვიტეთ, რამდენ ხანს გსურთ ფრაგმენტის გამრავლება. წინ და უკანა პრაიმერი შექმნილია სასურველი ფრაგმენტის დასაწყისში და ბოლოს დასაკავშირებლად. როგორც წესი, ჩვეულებრივი PCR მეთოდები იყენებს პრაიმერებს, რომლებიც განლაგებულია რეგიონის სიგრძით 100-დან 1000 ფუძის წყვილამდე, ხოლო რეალურ დროში PCR მეთოდებით გამოიყენება ფრაგმენტები დაახლოებით 50-დან 200 ფუძის წყვილი სიგრძით.
გადაწყვიტეთ, სად რა თანმიმდევრობით გსურთ პრაიმერების ტყუილი. მაგალითად, შეიძლება დაგჭირდეთ ადგილმდებარეობა მიმდევრობის 5 'ან 3' ბოლოს ან შუა ნაწილში. თუ სასურველია, მიუთითეთ პრაიმერების ადგილმდებარეობა ინტრონის გასწვრივ.
დიზაინის პრაიმერები უნდა იყოს 18-დან 24 ფუძემდე. ვინსენტ რ. Prezioso, Ph. D., Brinkmann Instruments Inc.– სგან, ვარაუდობს, რომ ეს სიგრძე საკმარისად გრძელია და სასურველია დნმ – ის სასურველი რეგიონისთვის, მაგრამ საკმაოდ მოკლეა, რათა ადვილად დაერთოს (მოხდეს გაჟღენთილი). დაწყებითი დნობის ტემპერატურა (Tm) უნდა იყოს 55 – დან 80 გრადუს ცელსიუსამდე, საკმარისად დაბალია, რომ შესაძლებელი იყოს სრული დნობა 90 გრადუს ცელსიუსზე ან ზემოთ, მაგრამ საკმარისად მაღალია იმისთვის, რომ მოხდეს მოხალვა. GC შინაარსი (თანმიმდევრობით G და C პროცენტული მაჩვენებელი) უნდა იყოს 40 – დან 60 პროცენტამდე. პრაიმერის თანმიმდევრობის 3 'ბოლოს უნდა დასრულდეს C ან G (ე.წ. GC დამჭერი) შეკავშირების ხელშესაწყობად, რადგან G და C ნუკლეოტიდებს აქვთ უფრო ძლიერი ბმები, თუმცა, თავიდან აცილება სამი ან მეტი G ან C თანმიმდევრობის ბოლო ხუთ ბაზაში.
თავიდან აიცილეთ ერთი ან ოთხი ფუძის (მაგ. ACCCC ...) ან ოთხი ან მეტი დი-ნუკლეოტიდის გამეორება (მაგ. ATATATAT ...), რადგან მათ შეიძლება შეცდომაში შეიყვანონ. შეიმუშავეთ პრაიმერები შიდა პრაიმერის ჰომოლოგიის გარეშე (სამზე მეტი ბაზა, რომელიც ავსებს ერთს თავად პრაიმერი) ან პრაიმერის შიდა ჰომოლოგია (სადაც წინა და უკანა პრაიმერი ერთმანეთს ავსებს მიმდევრობები). ამან შეიძლება გამოიწვიოს თვითდიმერები ან პრაიმერ – დიმერები, სადაც პრაიმერები თავს იკავებენ დნმ – ის სასურველ თანმიმდევრობასთან შეერთების ნაცვლად.
გამოიყენეთ ონლაინ რესურსები და ვებსაიტები, რომლებიც ხელს უწყობენ პრაიმერის დიზაინს ან ხელს უწყობენ პრაიმერის თანმიმდევრობის შემოწმებას თვითკომპლემენტარულობისთვის ან მეორეული სტრუქტურების, მაგალითად თმის სამაგრების შექმნის პოტენციალი. ზოგიერთი პრაიმერის დიზაინის ვებსაიტზე შედის მასაჩუსეტსის ტექნოლოგიური ინსტიტუტის Primer3, ბიოტექნოლოგიის ინფორმაციის ეროვნული ცენტრის Primer-Blast და ინტეგრირებული დნმ ტექნოლოგიების OligoAnalyzer.