რა არის ტრის ბუფერის ფუნქცია დნმ – ის მოპოვებაში?

ტრისი, ან ტრისი (ჰიდროქსიმეთილ) ამინომეტანი, არის ჩვეულებრივი ბიოლოგიური ბუფერი, რომელიც გამოიყენება დნმ-ის მოპოვების პროცესში. ნებისმიერი რაოდენობის წყაროდან მოპოვების დროს, დნმ pH მგრძნობიარეა. უჯრედის ლიზისის დროს, არასასურველი უჯრედული კომპონენტების მოცილება და ნალექი, ტრისი გამოიყენება სტაბილური pH– ს შესანარჩუნებლად. გარდა ამისა, ის განსაკუთრებით მნიშვნელოვან როლს ასრულებს უჯრედების ლიზიზირებაში.

TL; DR (ძალიან გრძელია; არ წავიკითხე)

დნმ – ის ექსტრაქცია არის pH– ზე მგრძნობიარე პროცესი და ტრის ბუფერის გამოყენება ხელს უწყობს pH– ს სტაბილურობას უჯრედების ლიზისისა და მოპოვების დროს.

ვინაიდან pH– ს შეუძლია გავლენა მოახდინოს უჯრედულ რიგ ფაქტორებზე და იქონიოს მათზე გავლენა, ექსპერიმენტული მეცნიერებისათვის აუცილებელია სტაბილური pH– ის შენარჩუნება. ბიოლოგიური ბუფერები, ისევე როგორც ტრისი, მნიშვნელოვანია, რადგან მათ შეუძლიათ შეინარჩუნონ სტაბილური pH გავლენის მიუხედავად, რის შედეგადაც შეიძლება pH გადაიტანოს. ტრისი (ჰიდროქსიმეთილ) ამინომეტანი, pKa 8.1, არის ეფექტური ბუფერული pH 7-სა და 9-ს შორის. ნეიტრალური დიაპაზონის გამო, ტრისი არის ხშირად გამოყენებული ბუფერი ბიოლოგიურ ლაბორატორიებში. ამასთან, ტრის ბუფერი მგრძნობიარეა ტემპერატურაზე და უნდა იქნას გამოყენებული იმ ტემპერატურაზე, რომელზეც იგი თავდაპირველად pH იყო მიღებული, უზუსტობის თავიდან ასაცილებლად.

ლიზი, ანუ უჯრედების გახსნა, დნმ – ის მოპოვების პირველი ეტაპია. ეს ტრიზისა და EDTA- ს შემცველი ბუფერული გზით ხორციელდება. EDTA ავალდებულებს ორვალდებულ კატიონებს, როგორიცაა კალციუმი და მაგნიუმი. მას შემდეგ, რაც ეს იონები ხელს უწყობენ უჯრედის მემბრანის მთლიანობას, მათი აღმოფხვრა EDTA– ს საშუალებით ახდენს გარსის დესტაბილიზაციას. Tris მთავარი ბუფერული კომპონენტია; მისი მთავარი როლი არის ბუფერის pH- ის შენარჩუნება სტაბილურ წერტილში, ჩვეულებრივ 8.0. გარდა ამისა, ტრისი სავარაუდოდ ურთიერთქმედებს მემბრანაში მდებარე LPS (ლიპოპოლისაქარიდთან) და ემსახურება მემბრანის დესტაბილიზაციას უფრო.

უჯრედების დაშლისას, მათი დნმ და შინაარსი ბუფერულში იღვრება. დამატებით, ხშირად შედის RNase A (ანადგურებს RNA), პროტეაზები (ანადგურებს ცილებს) და SDS (ნატრიუმის დოდეცილ სულფატი, ხსნის მემბრანის ფრაგმენტებს). ერთად აღებული, უჯრედული შინაარსისა და დაქუცმაცებული RNA- ს და ცილების ამ სუპმა შეიძლება დიდი გავლენა მოახდინოს ხსნარის pH- ზე. იმის გამო, რომ დნმ pH– ს მიმართ მგრძნობიარეა, ტრისთვის მნიშვნელოვანია წვნიანის ბუფერი და pH შენარჩუნება მყარ წერტილში.

დნმ – ის მოპოვების ბოლო ეტაპზე დნმ – ის გამოყოფა ხდება ხსნარიდან. ამ ეტაპზე დნმ იხსნება ბუფერში. ხსნარიდან მოსაპოვებლად დნმ იხსნება ეთანოლის ან იზოპროპანოლის (იზოპროპილ სპირტი) დამატებით. როდესაც ეს გაკეთდება, დნმ ხსნარში აშკარა ხდება, როგორც თეთრი ფერის ნივთიერება. მიუხედავად იმისა, რომ დნმ ამ გზით შეიძლება იზოლირებული დარჩეს უჯრედული კომპონენტებისგან, ის არ არის ”გამოსადეგი”, როდესაც ის არ ხსნადია. იზოლირების შემდეგ, ალკოჰოლი ამოღებულია და დნმ უნდა დაუბრუნდეს ბიოლოგიურ ბუფერულს, ტრისის მსგავსად, გამოსაყენებლად.

მიუხედავად იმისა, რომ დნმ – ის მოპოვება ჩვეულებრივ ხდება კვლევის ლაბორატორიებში, ზოგადად, გამოიყენება ერთ – ერთი კომერციულად ხელმისაწვდომი ნაკრები, ნებისმიერ მსურველს შეუძლია გააკეთოს დნმ – ის მოპოვება სახლში, საყოფაცხოვრებო და მწვანე ფერის გამოყენებით ბარდა ან ისპანახი. ამ შემთხვევაში, ტრისი და არც რაიმე ბიოლოგიური ბუფერი არ არის დნმ pH ცვლებისგან დასაცავად. ამასთან, ეს არის ვიზუალური გზა, რომელიც ეხმარება სტუდენტებს დაუკავშირდნენ ფიჭურ დნმ-ს.