როგორ ხდება დნმ-ის ვიზუალიზაცია გელის ელექტროფორეზის გამოყენებით?

გელის ელექტროფორეზი არის ტექნიკა, რომლის საშუალებითაც ხდება დნმ-ის ანალიზი მისი შემადგენელი მოლეკულების დონეზე. დნმ-ის ვიზუალიზაციის ამ მეთოდში ნიმუშებს ათავსებენ აგაროზას გელ გარემოზე და ელექტრო ველს ატარებენ გელზე. ეს იწვევს დნმ – ის ფრაგმენტების მილში მიგრაციას სხვადასხვა სიჩქარით, მათი ელექტროქიმიური თვისებების შესაბამისად.

ვიზუალიზაციის ამ ტექნიკისთვის, ეთიდიუმის ბრომიდი შერეულია აგაროზის ფხვნილთან, EDTA ბუფერთან და წყალთან და ქმნის ელექტრო გზის მატრიქსს ელექტროფორეზამდე. შედეგად, ეთიდიუმის ბრომიდის მოლეკულები ერთნაირად იფანტება მატრიქსში. მას შემდეგ, რაც გელის ჭაბურღილები შეივსება მათი შესაბამისი დნმ-ის ნიმუშებით და მაკონტროლებელი საღებავებით, ვრცელდება ძაბვა მატრიქსზე მსხვილი, პოლარული ნაერთების ნელა გასაზრდელად.

ამ მოძრაობის დროს, დნმ-ის მოლეკულების ფუძეები დროებით უკავშირდება ნაწილაკებს ეთიდიუმ ბრომიდის მუხტის წყალობით და აათრევს მათ გასწვრივ. გელის ელექტროფორეზის დასრულებისთანავე, დნმ-ის თითოეულმა მოლეკულამ მიიღო ეთიდიუმის ბრომიდის მნიშვნელოვანი რაოდენობა.

ულტრაიისფერი სინათლის არსებობისას, ეთიდიუმის ბრომიდი ავლენს ფლუორესცენტს. ტექნიკოსები სპეციალურად დაკალიბრებულ UV შუქს ანათებენ გელზე, ხოლო მანქანა აღბეჭდავს ანათებს ფრაგმენტებს.

თუ UV ტრანსლიმინატორი არ არის ხელმისაწვდომი ან პრაქტიკულია, ტექნიკოსებს შეუძლიათ დნმ გახადონ ნორმალურ პირობებში მზა აგაროზული გელის გაჟღენთილი, შიგნით ელექტროფორეზირებული დნმ-ით, მეთილის ლურჯის ხსნარში მთელი ღამის განმავლობაში.

ქლორიდის მარილი მნიშვნელოვნად ჰიდროფობიური ანიონით, მეთილენის ლურჯი მოლეკულები აღწევს გელის მთელ მატრიქსში. ამასთან, წყალბადის კავშირი მთელ დნმ-ში იწვევს ლაქის მოლეკულების დაგროვებას. ეს გაზრდილი დნმ ლაქის სიმკვრივე იძლევა ლურჯის უფრო ღრმა ჩრდილს, რომელიც შეუიარაღებელი თვალით ჩანს.

დნმ-ის ზოლების ფარდობითი ზომის მიღმა, ტექნიკოსებს შეუძლიათ გაზომონ თითოეული ფრაგმენტის აბსოლუტური ზომა (ფუძის წყვილებში) ქიმიური ნივთიერებების გამოყენებით, რომლებსაც უწოდებენ მაკონტროლებელ საღებავებს. ჩანს მეთილენის ლურჯის ან ეთიდიუმ ბრომიდის დამატების გარეშე, თვალყური ადევნებს საღებავებს, როგორიცაა ბრომფენოლის ლურჯი და ქსილენ ციანოლი არაგოსული გელის მატრიცა ელექტროფორეზის დროს იმავე სიჩქარით, როგორც დნმ – ის ფრაგმენტები, რომელიც შედგება 300 ნუკლეოტიდისა და 4000 ნუკლეოტიდისგან შესაბამისად. ელექტროფორეზის დროს, უფრო მასიური დნმ – ის ფრაგმენტები უფრო ნელი სიჩქარით მოძრაობს გელის მატრიქსზე, ვიდრე პატარა ფრაგმენტები. ამიტომ, თვალყურისდევნების დროს საღებავები პირდაპირ გავლენას არ ახდენენ დნმ – ის ფრაგმენტების ხილვადობაზე, შედარების დნმ – ის ფრაგმენტის პოზიციას ამ საღებავების მდგომარეობაში გელის საშუალებით ტექნიკოსებს შეუძლიათ "დაინახონ" ნუკლეოტიდების სავარაუდო რაოდენობა დნმ-ის ფრაგმენტი შეიცავს