ლიზის ბუფერების კომპონენტები

Lyse არის სიტყვა, რომელიც ბერძნულიდან მოდის და მხოლოდ ნიშნავს "გაყოფას" ან "ადიდებას". შესაბამისად, ტერმინები ეხება იმას, თუ რა ხდება უჯრედებთან ლიზისის ბუფერში, ხსნარი არღვევს მათ მათი გამოყოფის მიზნით შინაარსი მეცნიერები იყენებენ ლიზისის ბუფერებს უჯრედებიდან დნმ-ის ან ცილების მოპოვებისას ანალიზისთვის, განსაკუთრებით ბაქტერიების შემთხვევაში. უჯრედის ლიზისის ბუფერის ტიპი განსხვავდება ექსპერიმენტის სახეობიდან გამომდინარე, თუმცა ქვემოთ მოცემულია რამდენიმე ჩვეულებრივი არჩევანი.

TL; DR (ძალიან გრძელია; არ წავიკითხე)

ლიზისის ბუფერები ხელს უწყობს ღია უჯრედების გატეხვას, ამიტომ მათი შინაარსის წვდომა ან ამოღება შეიძლება. ზოგიერთ მაგალითში შედის მარილები, სარეცხი საშუალებები, ქელატური საშუალებები და ინჰიბიტორები და ზოგიერთი ტუტე ქიმიკატები.

ბუფერები სტაბილიზირებენ pH– ს უჯრედების გაყოფისას. Tris-HCL წარმოადგენს ერთ – ერთ ყველაზე გავრცელებულ ქიმიკატს pH 8 – ით ბუფერულად. HEPES კიდევ ერთი ჩვეულებრივი ბუფერული ქიმია ამ ექსპერიმენტებში. ნატრიუმის ქლორიდის მარილმა შეიძლება ასევე გაზარდოს იონური სიძლიერე, უჯრედების გარეთ გამხსნელების საერთო კონცენტრაცია. ამ ბოლო წერტილს გარკვეული მნიშვნელობა აქვს, ვინაიდან წყალს შეუძლია უჯრედის მემბრანის გავრცელება განზავებული ნივთიერების დაბალი კონცენტრაციის რეგიონებიდან მაღალი გამხსნელი კონცენტრაციის რეგიონებში.

სარეცხი საშუალებები ხსნის უჯრედის მემბრანებს, ამიტომ უჯრედის შინაარსს შეუძლია გაექცეს. აქვს და ამფიპათიური მოლეკულური სტრუქტურა (ანუ მოლეკულები ერთი ბოლოთი, რომლებიც ადვილად ურთიერთქმედებენ წყლის მოლეკულებთან, ხოლო მეორე ჰიდროფობიური ან "წყლის შიშით"). მათ შეუძლიათ დაითხოვონ ცხიმები მიცელების, მცირე მტევნების წარმოქმნით, სადაც სარეცხი მოლეკულების ჰიდროფობიური კუდები ცხიმის მოლეკულებისკენ მიმართულია. ჩვეულებრივი სარეცხი საშუალებებია ნატრიუმის დოდეცილ სულფატი ან SDS, NP-40 და ტრიტონ X.

ლიზისის ბუფერებში, როგორც წესი, ასევე შედის ქლეტირების საშუალებები, როგორიცაა ეთილენამინტეტერაცეტის მჟავა (EDTA) ან ეთილენგლიკოლის ტეტრაცეტის მჟავა (EGTA). ეს ქიმიკატები უკავშირდება ლითონის იონებს ორი დადებითი მუხტით (მაგ., მაგნიუმი და კალციუმი), რითაც ისინი სხვა რეაქციებისათვის მიუწვდომელია. ბევრ დნმ-ს (ცილები, რომლებიც დნმ-ს ღეჭავს) და პროტეაზებს (ცილები, რომლებიც სხვა ცილებს აჭრიან) სჭირდებათ მაგნიუმის იონები ფუნქცია, ამიტომ ამ ძირითადი ინგრედიენტის არარსებობით, EDTA და EGTA ხელს უწყობენ პროტეაზას ან დნმ – ს დონის შემცირებას საქმიანობა ამასთან, ისინი ამას სრულიად არ გამორიცხავენ და ზოგიერთი პროტეაზები არ არის დამოკიდებული მაგნიუმის კოფაქტორებზე, ამიტომ ლიზების ბუფერები ზოგჯერ ასევე შეიცავს ქიმიკატებს, რომლებსაც პროტეაზას ინჰიბიტორები უწოდებენ, რომლებიც უკავშირდებიან პროტეაზებს და ხელს უშლიან მათ მუშაობას სწორად

ტუტე ლიზი, ძალიან გავრცელებული ტექნიკა პლაზმიდების ბაქტერიებისგან გაწმენდისთვის, მოიცავს სამ ხსნარს. პირველი შეიცავს გლუკოზას, ტრის-HCL ბუფერს, EDTA და რნმ-ს. გლუკოზა ქმნის მაღალ ხსნად კონცენტრაციას ბაქტერიების გარეთ, ამიტომ ისინი მცირედ გახდებიან ცვალებადი, რაც აადვილებს მათ ლიზინგს. EDTA და tris-HCL ფუნქციები, როგორც უკვე აღწერილია, ხოლო RNAse ღეჭავს უჯრედში არსებულ ნებისმიერ RNA- ს, რომ თავიდან აიცილოს იგი. მეორე გამოსავალი რეალურად ახდენს უჯრედების ლიზირებას. ეს შეიცავს SDS სარეცხ საშუალებას და NaOH, რომელიც pH– ს 12 ან ზემოთ ზრდის, უჯრედის შიგნით ცილებს დენატურაციას და დნმ – ის ცალკეულ ძაფებად გამოყოფას იწვევს. მესამე ხსნარი შეიცავს კალიუმის აცეტატს, რათა აღადგინოს pH უფრო ნეიტრალური დონე, ასე რომ, პლაზმური დნმ – ის ძაფები შეიძლება დაბრუნდეს ერთად. ამასობაში, დენატურირებული ცილები გროვდება და ილექება, ხოლო დოდეცილ-სულფატის იონები მოდის კალიუმის იონებთან ერთად ქმნის უხსნად ნაერთს, რომელიც ასევე ილექება ხსნარიდან.