חיידקים הם אורגניזמים קטנים, תאיים, שהם גם מועילים וגם מזיקים לבני אדם. צורות מסוימות של חיידקים עוזרות לנו לחיות, כמו אלה שעוזרות לפרק מזון במעיים שלנו. צורות אחרות, כמו החיידקים הגורמים למגפת הבועית, יכולות להרוג אדם אם לא מטפלים בו. ישנם סוגים רבים ושונים של חיידקים והם מתנשאים בשיטות שונות. שתי השיטות העיקריות לנשימה חיידקית הן נשימה אירובית ונשימה אנאירובית.
צורות חיידקים הנמצאות אירוביות דורשות חמצן כדי לחיות. הם משתמשים בחמצן כדלק כדי לסייע בשריפת אנרגיה ולספק להם את האנרגיה הדרושה לחיים. סוג זה של נשימה חיידקית הוא מאותו סוג בו משתמשים בני האדם, ומכאן המונח "פעילות אירובית". תוצר הלוואי העיקרי של נשימה אירובית מחיידקים הוא פחמן דו חמצני.
סוגים רבים של חיידקים מגיבים באופן אנאירובי. במילים אחרות, הם יכולים לעבור את תהליך הנשימה ללא חמצן. במקום להשתמש בחמצן כדי לעזור להם לשרוף את האנרגיה במזונם, סוגים אלה של חיידקים משתמשים בכימיקלים אחרים המופיעים באופן טבעי כדי ליצור תגובות כימיות ולשחרר את האנרגיה הדרושה להם. כימיקלים נפוצים המופיעים באופן טבעי כוללים חנקות, סולפטים ופחמן דו חמצני. נשימה אנאירובית בחיידקים יוצרת בדרך כלל תוצרי לוואי רבים. רבים מתוצרי הלוואי הללו יכולים להיות רעילים או מסוכנים לבני אדם וכוללים אתנול ומימן.