כימיה היא חקר החומר והשינויים שהוא עובר. לתלמידי מכללות הלומדים כימיה ניתן להקצות פרויקטים שונים שנועדו לאמוד עד כמה הם מבינים את הנושא. מכיוון שלעתים פרויקטים אלה יכולים להוות חלק גדול מהציון הסופי של התלמיד, התלמידים עשויים להרוויח בבחירת פרויקטים הבולטים מהאחרים.
תכנון מולקולות הוא פרויקט כימיה אורגנית המורכב מתלמיד הקולג 'היוצר גרסת תלת מימד של תרכובת אורגנית נבחרת על מנת להבין את מורכבותה. לצורך הפרויקט, התלמידים בוחרים ממגוון מולקולות כמו DEET, קפאין וכולסטרול בהן הם יכולים לבסס את הניסוי שלהם. באמצעות פיתוח שרטוט של המולקולה, בניית המולקולה עצמה, יצירת אגדה המסבירה את מבנה המולקולה וכתיבת פיסקה מפורטת המסבירה את חשיבותה של המולקולה, התלמיד מסוגל להציג את המולקולה בפירוט רב יותר. מידע מועיל שיש לכלול בפרויקט עשוי לכלול פרטים על ההיסטוריה של המולקולה, על גילויה, האם המולקולה טבעית או סינתטית וכיצד המולקולה פועלת.
מכיוון שמחלת אלצהיימר היא הפרעה אורגנית במוח, הבנת הכימיה שלה היא המפתח לחיפוש אחר תרופה. בפרויקט של מחלת אלצהיימר, התלמיד יוצר ציור או רבייה פיזית של המוח ומציג אותו יחד עם רשימה מפורטת של האופן בו המחלה משפיעה על הכימיה של המוח וכיצד תופעות אלו מובילות לאובדן זיכרון דמנציה. על התלמידים להציג את ממצאיהם לצד רשימה של תרופות תרופות ידועות שהוכחו כי הן משפיעות על התקדמות מחלת האלצהיימר ועל אופן פעולתן.
בפרויקט תצפית לדוגמא, התלמיד בוחר מולקולה אורגנית או סינתטית ובוחן את השפעת החשיפה למולקולה לאורך זמן. התלמיד מציג בנייה מפורטת של המולקולה לצד לוח כרזות המתאר את המולקולה הכוללת את ההיסטוריה של המולקולה, בין אם היא סינתטית או אורגנית ומידע על אילו אלמנטים שימשו שהשפיעו על ה- מולקולה. על התלמידים להציג מידע אודות כמה זמן לקח ההשפעה להציג את עצמו ואת נסיבות שהקיפו את השינויים יחד עם דף זמן שמראה באיזו תדירות המולקולה הייתה נצפים.