עץ פילוגנטי הוא ייצוג גרפי של יחסים אבולוציוניים המדגים כיצד יתכן שאורגניזמים היו שונים מאב קדמון משותף. בעבר, הדבר נעשה באמצעות השוואה בין אנטומיה ופיזיולוגיה של אורגניזמים חיים ומאובנים, אך כיום נעשה שימוש בדרך כלל במידע גנטי שנלקח מרצפי נוקלאוטידים של ה- DNA. אורגניזמים עם מעט דמיון עשויים להימצא ב"ענפים "הנפרדים של עץ פילוגנטי ואלה בעלי המשותף הספציפי ימצאו על" זרדים "של אותו ענף. עץ פילוגנטי הוא שיטה להבנת מינים ושינויים אבולוציוניים באורגניזמים.
בחר אורגניזם מודל להשוואת מערכות יחסים. ניתן לעשות זאת עם מין, גזע או רצף נוקלאוטיד המייצג אורגניזם. אורגניזם לדוגמא יכול להיות פרה. שאר העץ ידגים עד כמה פרה קשורה לאורגניזמים אחרים המבוססים על תכונות גנטיות.
בחר קבוצת חוץ. קבוצה חיצונית היא אורגניזם פחות קרוב או רצף נוקלאוטיד שונה בתכלית. אם האורגניזם המודל הוא פרה, אז קבוצה חוץ אפשרית תהיה דג. ככל ששני האורגניזמים שונים יותר כך נקודת הענף המתפצלת יותר בהמשך העץ הפילוגנטי. הזמן מיוצג כאשר התאריך העתיק ביותר נמצא בתחתית התרשים והיום נמצא בראש התרשים. מיקום הענפים מראה בערך מתי בעבר תכונה אבולוציונית שינתה אורגניזם אבות למין אחר.
קבע קבוצה של מאפיינים לשימוש להשוואה. דוגמאות לכך כוללות "יש ארבע רגליים", "לועס גס", "יולדת חיה" או "צומח שיער". רצפי נוקלאוטידים הם פשוטים ייצוגים אלפביתיים של DNA הקובעים מאפיינים, ולכן אפשרות אחרת תהיה: "מכיל את הרצף ATGGACACGGA. "
חלקו אורגניזמים על פי המאפיינים. כאשר אורגניזם אחד אינו מכיל את התכונה הרצויה, נוצר ענף בעץ הפילוגנטי. שכן המאפיין "בעל ארבע רגליים", פרות, כבשים וצבאים יהיו כולם על ענף אחד, ואילו הדגים היו על ענף נפרד. הדביקו את התמונה או את הרצף של פרה בפינה העליונה של לוח הכרזה ואת הדגים בפינה הנגדית וציירו מהם שני קווים לבסיס הנייר בצורה V מצטלבת.
המשך בהפרדת האורגניזמים המודליים או רצפי הנוקליאוטידים עד שלכל דוגמא יש הפרדה אחת מהענף לענף. המאפיין "בעל צמר" היה מפריד בין כבשים לצבאים ופרות לענף יחיד. הצב את תמונת הכבשה בסמוך לתמונת הדג וצייר קו המתחבר בצורת V עד ענף הפרה. שימוש במאפיין "בעל זנב רכה" יגדיר פרה מאייל. הדביקו את תמונת הצבי בין הפרה לכבשה וציירו קו נוסף לצורת V המצטלבת מעל קווי הדגים והכבשים. כאשר לכל מין יש ענף יחיד, הושלם העץ הפילוגנטי.