בניגוד לאגמים ובריכות, נהרות הם מערכות פתוחות, שם מתרחשת חילופי מים תכופים. למרות עובדה זו, האורגניזמים התלויים בנהרות דורשים איזון מסוים. אינדיקטורים שונים נותנים מדד לאיכות הנהר. מדידה זו כוללת חמצן מומס, טמפרטורה ו- pH, המהווה מדד לריכוז יון המימן.
הסולם למדידת ה- pH עובר מ- 0 ל- 14 כאשר 7 ומטה מייצגים סביבה חומצית, וקריאה מעל 7 מצביעה על סביבה אלקליין.
מחקר שפורסם בכתב העת Nature קשר ישירות בין החומציות בנהרות ובאגמים הנורבגיים לגשם חומצי, שהביס את אוכלוסיית הסלמון והפורל המקומית.
רמות pH נמוכות גורמות להרוג דגים על ידי הדגשת מערכות בעלי חיים וגורם נזק פיזי, מה שבתורו הופך אותם לפגיעים יותר למחלות.
גורמים חיצוניים אחרים העלולים לגרום לתנודות ב- pH הנהר כוללים נגר חקלאי, מכרה חומצי ניקוז (AWD), ופליטת דלקים מאובנים כגון פחמן דו חמצני, היוצר חומצה חלשה כשהיא מומסת בנהר מים.
בדיקת רמות ה- pH מצביעה על חומציות או בסיסיות של דגימה. לנהרות יכולת מסוימת למנוע שינויים ב- pH על ידי מבנה ומערך הנהר. עם זאת, לשינויים דרסטיים ב- pH עלולים להיות השפעות מזיקות על בריאות הנהר.