מדבריות מכילים מגוון פטריות. חלק מהמושבות מסוגי הפטריות המדבריות יכולות לחיות מיליוני שנים על ידי הארכת תהליך הפיתוח. אחרים יוצרים קשרים סימביוטיים עם אורגניזמים אחרים כדי להבטיח הישרדות. פטריות מדבר יכולות להיות רדומות באדמת המדבר עד להפרעה, ואז לתקוף בעזרת נבגים רעילים הגורמים למחלות קשות. סוגים מסוימים של פטריות מדבר יכולות לצייר בדים מדבריים עם כתמים בצבעים עזים.
לישניות
לישנים, המכונים "צמחי חלוץ", הם אורגניזמים זעירים שיכולים לסבול סביבות ובצורת מחוספסת, חמה וקרה. גוף חזזית, או תאלוס, מורכב מאצות ופטריות הגדלות יחד במערכת יחסים סימביוטית. תאי האצות מספקים חומרים מזינים לפטרייה, והפטרייה מגנה על האצות מפני תנאים אטמוספריים.
לישנים יכולים לצמוח על משטחים יוצאי דופן כמו חול, סלעים, אדמה, עצמות בעלי חיים ומתכת חלודה. לישניות גדלות במגוון צבעים כגון גווני אדום, כתום, צהוב, ירוק וחום. על סלע אחד יכולים לצמוח יותר מתריסר מינים של פטריות.
ידועים כ- 15,000 מיני חזזיות. חזזיות מסוימות כגון חזזיות קרוסטוזיות (פטרייה דמוית קרום) יכולות לחיות מאות או אלפי שנים בגלל קצב גדילה איטי. חזזיות קרוסטוזיות יכולות להתפתח על סלעים. חזזיות מסוימות בסכנת הכחדה מכיוון שאוויר מזוהם ומי גשמים עלולים להרוס תאי אצות ולהמית את בן הזוג לפטרייה.
מיקוריזות
מיקוריזות הן מערכות צמחיות פטרייתיות המפתחות קשר סימביוטי עם שורשי הצמח. השורשים מספקים חומרים מזינים הכרחיים ואתר לפטריות להצמיד את חוטיהם. הפטריות מגנות על הצמח מפני תקיפות כמו פתוגנים, וחוטיהם פועלים כמערכת שורשים המסייעים לצמח לקבל מים וחומרי מזון נוספים. לאחר פיתוח הקשר, צמח יכול להיות תלוי במיקוריזה כאשר הופסקו חומרי המזון שלו.
Mycorrhizae מחולקים לשני סוגים - ectomycorrhizae ו endomycorrhizae. Ectomycorrhizae מייצר כיסוי סביב שורשי הצמח. הכיסוי צומח היפות (מרכיבים דמויי חוט בגוף הפטרייה) לשורשים ואז לאדמה. חוטי אנדומיקוריזה צומחים לתאים ואז לאדמה. הפטרייה משפרת את עמידות הבצורת, חסינות למחלות וספיגת חומרים מזינים לצמח המארח.
פטריות
Podaxis, או רעמה מדובללת במדבר, נמצא במדבר סונורן ובמדבריות אחרים ברחבי העולם. Podaxis קשור למשפחת הפטריות Agaricaceae. הפטרייה דומה לנפיחה; הוא עצי וסיבי. גוף הפרי של פודאקסיס נובע מארצות מדבר, אדמות חוליות וצידי דרכים לאחר עונות הגשם. עם זאת, אם לא יבוא גשם, גוף הפרי לא יגיח. הגביע (כובע) נשאר סגור במהלך תהליך הפיתוח כדי להגן על הרקמה הפורייה, הזימים והנבגים בעלי הדופן הכפולה מפני התייבשות.
קוקסידיואידים
הסוג Coccidioides הוא פטריית אדמה המורכבת משני מינים - Coccidioides immitis ו- Coccidioides posadasii. שני המינים נמצאים בקרקעות המדבר של צפון ודרום אמריקה. כל מין יוצר היפות ונבגים בקרקע. כאשר האדמה המכילה את הנבגים מופרעת על ידי בני אדם או תקיפות טבעיות כמו סופות אבק, הנבגים הופכים לאוויריים. שאיפת נבגים עלולה לגרום לזיהום פטרייתי לא מדבק הנקרא Coccidiodomycosis, או קדחת העמק. במקרים נדירים, אם נשאפים מספר עצום של נבגים משני המינים, זה יכול להיות קטלני.