התפקיד הבסיסי שממלאים זוחלים במערכת האקולוגית הוא תפקיד פשוט. כחלק משרשרת המזון הגדולה יותר, הם מונעים אוכלוסיית יתר ומספקים אוכל לטורפים רעבים, במיוחד כשהם צעירים. חשיבותם לבני אדם פחות בולטת אך עדיין משמעותית.
הדברת חרקים ומכרסמים
זוחלים מטילים בדיקה חשובה על אוכלוסיות חרקים ומכרסמים. כמה מהנחשים הארסיים ביותר בעולם כמו הקוברה ההודית מונעים למעשה התפשטות מכרסמים נושאי מחלות, אפילו במרכזים עירוניים, ולכן התועלת שלהם עולה לעיתים קרובות על הסכנה שלהם. עם זאת, זוחלים שפירים הרבה יותר פועלים גם להדברת אוכלוסיות מזיקים.
בקרת דגים
על פי האתר Animal Bytes מגניני בוש, תנינים ותנינים גם מונעים אוכלוסיית יתר של מיני דגים באזורי חוף ושטחי ביצות, המהווים מכריע בשמירה על מערכות אקולוגיות מימיות בריאות מְאוּזָן. מערכת אקולוגית מימית בריאה היא כלי נגיש לדיג המתפרנס בסביבות אלה.
בקרת נבלות
זוחלים רבים מנהלים אורחות חיים מבולבלים מאוד, ולכן הם מנסים להכות במהירות כדי להכניע את טרפם. עבור כל זוחל פגר נרקב, הנקרא נבלה, הוא ארוחה קלה, ולכן זוחלים כמו דרקון הקומודו הידוע לשמצה הוא אחד מבין האורגניזמים הרבים שממלאים תפקיד בפינוי חיות מתות מ סביבה.
טֶרֶף
זוחלים עצמם משמשים לעתים קרובות למאכל. עופות דורסים יאכלו כל דבר, החל מבעיות ועד לטאות. צבים צעירים נטרפים על ידי כל מיני בעלי חיים. בקעות צבי ים העומדות בפני מסע חזרה למים מספקות חגיגה של ממש לבעלי חיים רעבים. אוניברסיטת נובה דרום-מזרח מציינת שרק אחד מכל 1,000 ישרוד עד הבגרות.
אינטראקציות אנושיות
אף על פי שבני אדם מנסים בדרך כלל להימנע מאינטראקציה עם זוחלים, הם נושאים מדי פעם חשוב שנמשך מעבר להישרדות ובתחום התרבות. צבים, למשל, הם מעדן וממלאים תפקיד ברפואה הסינית המסורתית. בנוסף, משתמשים בארס של נחש לעיתים קרובות להפקת חיסונים, וקשקשי זוחלים נחשבים אופנתיים בתרבויות רבות.