היונקים הילידים של מסצ'וסטס מגוונים כמו הטופוגרפיה של המדינה היפה הזו בצפון מזרח ארצות הברית. החל מחודש פברואר 2009, מחלקת הדייג והחי של מסצ'וסטס קובעת כי 60 יונקים מקומיים היו נוכחים במדינה. מספר זה אינו כולל את עשרות המינים הנוספים הנודדים או שהוכנסו למסצ'וסטס. היונקים הילידים במדינה הם כולם שליה וניתן לסווג אותם לפי בתי הגידול היבשתיים או הימיים המועדפים עליהם.
יונקי יערות
יערות במסצ'וסטס מורכבים מיערות מעורבים שיש בהם שטחים של עצים מחטניים או נשירים בעיקר. יונקים ילידים שלעתים קרובות מעדיפים אזורים מחטניים כוללים סנאים אדומים ועפים, ארנבת שלג, איילים ודייגים. לעתים קרובות נראים באזורים נשירים אופוסומים, סנאים אפורים, שבבי שבבים, עכברי צבאים, שועלים אדומים ואפורים, צבאים זנב לבן, דורבנים וכמה מיני עטלפים. זאבי ערבות מעדיפים מיקומי קרצוף עבותים. דובים שחורים פוקדים בתי גידול מחטניים ונשירים. בעוד שאנשים חוששים מהם, הם בדרך כלל לא תוקפים בני אדם אלא מעדיפים לברוח ליער.
יונקי דשא
אזורי דשא במסצ'וסטס כוללים שדות, כרי דשא ושטחים חקלאיים. יונקים ילידים המעדיפים בתי גידול של עשב כוללים שומות, בואש, ארנבות זנב כותנה, נברנים וסוס עץ. יונקים מקומיים המעדיפים אזורי עשב מופיעים לעיתים קרובות על מדשאות ובחצרות אחוריות של בתים פרבריים ובדרך כלל נחשבים למזיקים. צמרות הכותנה יורדים במספר בגלל הירידה בבתי הגידול המועדפים עליהם, כגון שטחים חקלאיים ושטחי מרעה, במדינה.
יונקים בשטחי מים
ביצות, ביצות, חופי ביניים, כרי דשא רטובים וביצות מאפיינים את אזורי הביצות של מסצ'וסטס. ישנם אזורי ביצות ברחבי המדינה. חלק מהיונקים הילידים הכוללים שטחי ביצות בין בתי הגידול המועדפים עליהם הם שרירנים, שרף, שרפרפים, עכברים קופצים, למים וסרטים. בין שאר בתי הגידול, הלמים מעדיפים לעתים קרובות ביצות חמוציות. בובקטים משוטטים באזורים מיוערים ומשייפים, כמו גם בשטח ביצות ליד שדות. הם חתול הבר היחיד שנמצא כיום במסצ'וסטס והם ביישנים וחמקמקים מאוד.
נהר, בריכה ואגם יונקים
ישנם נהרות, בריכות ואגמים רבים בכל הגדלים במסצ'וסטס. היונקים הילידים שהכי נהנים מבתי גידול אלה כוללים מינקים, לוטרות נהר ובונים. סמור פוקד בתי גידול שונים אך מעדיף להיות קרוב למים. לוטרות נהר מצויות בעיקר ליד מים אך לעיתים יסתובבו הרחק לאזורים מיוערים. ביברס בונים סכרים ומשקעים עם כניסות מרובות באזורי מים מתוקים כגון בריכות, נהרות ואגמים.
יונקים ימיים
נמלי ומפרצונים רבים מנקדים את קו החוף האטלנטי של מסצ'וסטס. יונקים ילידים במים אלה כוללים כלבי ים, נמל עופות ומספר מינים של דולפינים. ישנם מינים רבים של לווייתנים בנמלים החיצוניים ובמימי החוף האטלנטיים שליד מסצ'וסטס, כולל רוצחים, בלוגה ולווייתני טייס. לווייתנים בסכנת הכחדה הנראים במים אלה הם הלווייתנים הגיבנת, הסנפיר, הזרע והצפון הימני.