המיקרוסקופ קיים זמן רב מאוד. המוצא במהלך המאה ה -16, הטכנולוגיה נמצאת בתהליך של שיפור מתמיד מאז. מאז שעבר את המודל הקלאסי הפשוט של צינור הזכוכית, משתמשים במיקרוסקופ כיום במגוון הקשרים במיזמים שונים כמו תעשיות הרכב והתרופות. הגבולות הטבעיים של העין האנושית מתוגברים ללא הרף כדי לבצע את המשימות הבסיסיות של התעשייה.
החלקים המעורבים במכונות מודרניות מסובכות כגון מכוניות הפכו להיות כה קטנים עד כי השימוש במיקרוסקופ הוא בלתי נמנע. באמצעות מיקרוסקופ שתוכנן במיוחד למשימה, מהנדסים יכולים להעריך אפילו את הציוד הקטן ביותר עבור פגמים ושברים. מיקרוסקופים משמשים בדרך זו גם לבדיקת חלקי מכונות כגון שעונים והמנועים המשמשים להפעלת אוניות וכלי טיס.
הנדסת החומרים הפכה מורכבת יותר ויותר ככל שמפתחים חומרים חדשים למגוון הרחב ביותר של משימות. באמצעות חומרים שתוכננו במיוחד, מהנדסים שיפרו הכל, החל מבניית בניין וכלה בחומר אריזה לבגדים שאנשים לובשים. המיקרוסקופ היה חיוני בתהליך זה, ואפשר למומחים לבדוק את הצורות הבסיסיות ביותר של החומרים שהם יוצרים. השימוש במיקרוסקופ רק יהפוך לחשוב יותר עם חומרי ננו חדשים.
מיקרוסקופים תמיד היו כלי מכריע במקצוע הרפואה. מיקרוסקופים אפשרו גילוי משנה עולמי של תורת הנבטים שהצילה אינספור חיים. כיום משתמשים במיקרוסקופים בתצפית על חיידקים וחיידקים וכן בפיתוח כימיקלים ותרופות חדשות המשמשות למאבק במחלות. פיתוח תרופות חדשות מסייע רבות לשימוש במיקרוסקופים רבי עוצמה.