גודלו מעט קטן יותר ממדינת קולורדו בארה"ב, המערכות האקולוגיות של ניו זילנד מתמודדות עם רבים אתגרים סביבתיים מכיוון שהמדינה היא גם מדינה מפותחת כלכלית וגם אי קהילה. בעוד שמדינות מפותחות רבות כמו ארצות הברית מתמודדות עם איומי מערכת אקולוגית דומים, כמו מינים פולשניים וזיהום תעשייתי, מדינות איים כמו ניו זילנד מתמודדות עם איומים מוגברים מעליית מפלס הים העולמי והלחץ על משאבי הטבע כמו האוקיאנוס דיג.
מינים פולשניים
הכניסה האנושית של בעלי חיים וצמחים שאינם ילידים למערכות אקולוגיות בניו זילנד השפיעה קשות על בריאותם של מינים מקומיים. הקיווי, ציפור חסרת מעוף שהיא החיה הלאומית של המדינה, עומדת בפני סכנת הכחדה עם 90 אחוזים ממנה על פי מחלקת השימור בניו זילנד, כל הגוזלים החדשים נהרגים על ידי מינים פולשים כמו סטואטים. צמחים פולשניים כמו האספרגוס המטפסים משפיעים גם על מערכות האקולוגיות של היערות בניו זילנד בכך שהם מתפשטים על פני המעטה ומונעים התחדשות של צמחים מקומיים.
זיהום תעשייתי
על פי ההערכות מחצית מכל האגמים בניו זילנד מזוהמים, ורוב הנהרות אינם עומדים בתקני בריאות שחייה, ומחצית מכל הדגים המקומיים רשומים כמינים מאוימים, על פי היער והציפור אִרגוּן. בריאותם של נתיבי מים אלה ומערכות האקולוגיה שלהם מוחמרת על ידי ניקוז של מים רטובים טבעיים, המשמשים כמסננים לגופי מים מתוקים. בארגון "יער וציפורים" מעריכים כי 90 אחוז משטחי הביצות של ניו זילנד נוקזו למסגור ופיתוח.
שינוי אקלים
בתור מדינת אי, מערכות אקולוגיות בניו זילנד מאוימות גם בגלל עליית מפלס הים שנגרם על ידי שינויי אקלים עולמיים המושרים על ידי האדם. המשרד לאיכות הסביבה בניו זילנד צופה שעליית מפלס הים הצפויה תוביל לכך שחיקת חוף מוגברת וחדירה רבה יותר של מי ים לשפכים מליחים, בין היתר איומים. שינויים כאלה מאיימים על מערכות אקולוגיות של חוליות וקהילות, אשר עלולות ללכת לאיבוד בעקבות שחיקה, ועל מערכות אקולוגיות שפכים, שאינן מסוגלות לסבול מליחות של מי ים טהורים.
הפחתת המגוון הביולוגי
המגוון והבריאות של צמחים ובעלי חיים מסייעים בהגדרת מערכת אקולוגית חזקה והם מכונים בדרך כלל מגוון ביולוגי. בניו זילנד, ציד והשמדת בתי גידול הובילו למה שהמשרד לאיכות הסביבה רואה "ירידה רצינית". גורמים רשמיים מעריכים כי 32 אחוז מהעופות היבשתיים והמים המתוקים בניו זילנד נכחדו ו 800 מינים נוספים של בעלי חיים, צמחים ופטריות נחשבים מאוים.