Nell'elettroforesi su gel, i campioni di DNA o proteine vengono separati, in genere in base alle dimensioni, applicando un campo elettrico che li fa migrare attraverso un gel. L'uso dell'elettroforesi su gel è di routine nei laboratori di ricerca biomedica e viene utilizzato per rispondere a una serie di domande diverse, quindi non esiste davvero un modo universale per analizzare i risultati.
Diverse tecniche come Western blot, Northern blot e Southern blotting, ad esempio, coinvolgono tutte elettroforesi su gel.
Se stai facendo gel di agarosio elettroforesi di campioni di DNA, il tipo di procedura più comune, in genere è necessario fare almeno due cose: 1) distinguere non tagliati plasmidi da inserti, plasmidi intaccati e plasmidi tagliati e, 2) stimare la dimensione dei vari frammenti di DNA con una curva standard Excel o calcolatrice.
Controlla il tuo quaderno di laboratorio per determinare quali campioni sono stati caricati in quali corsie. Quando hai caricato i pozzetti per il tuo gel, dovresti aver annotato l'identità di ciascuna corsia/campione.
Usando un righello, misura la distanza sulla tua foto dai pozzetti al colorante di tracciamento, che sarà hanno viaggiato più lontano di qualsiasi banda del DNA (in altre parole, sarà in fondo al gel). Registra questo numero: le unità che usi non sono importanti.
Misura la distanza sulla tua foto dai pozzetti a ciascuna delle bande nella "scala", quindi dividi quella distanza per la distanza percorsa dal tracciante colorante gruppo musicale. Questo calcolo ti dà la mobilità relativa di ciascuna banda.
Esempio: supponiamo che la banda del colorante di tracciamento abbia viaggiato di 6 pollici e che abbiamo tre bande che hanno viaggiato di 5, 4,5 e 3,5 pollici.
Qual è la loro mobilità relativa? Risposta: Dividiamo 5, 4,5 e 3,5 per 6 per ottenere mobilità relative di 0,833, 0,75 e 0,5833.
Il produttore ti dà la dimensione di ogni frammento nelle scale che forniscono, quindi dovresti già avere queste informazioni.
Usa la funzione Trendline sul tuo programma per fogli di calcolo per adattare un'equazione ai dati. Questa equazione dovrebbe essere un'equazione di potenza (ad esempio x^-2) e dovrebbe adattarsi relativamente bene ai dati (coefficiente R di almeno 0,9). Questo crea una curva e una curva standard Eccellere.
Ricorda che i frammenti di DNA più piccoli viaggiano più lontano attraverso il gel rispetto ai frammenti di DNA più grandi, quindi quelli più vicini al colorante di tracciamento saranno i più piccoli. Si noti, tuttavia, che se plasmide Il DNA (circolare) non è tagliato, diventerà "superavvolto" o attorcigliato come un cavo telefonico, il che lo farà effettivamente viaggiare più lontano rispetto al DNA lineare della stessa dimensione.
Allo stesso modo, un plasmide "tagliato" che è stato tagliato in modo incompleto viaggerà a più corto distanza rispetto al DNA lineare della stessa dimensione. Di conseguenza, non puoi stimare la dimensione dei plasmidi non tagliati dal tuo gel.
Abbina le bande in ogni corsia con l'identità del campione che hai caricato in quella corsia e determina se ciò che vedi è quello che ti saresti aspettato. Questo dipenderà dalla natura del tuo esperimento.
In generale, tuttavia, se si digerisce un plasmide inserto con due enzimi di restrizione, ci si aspetterebbe che l'inserto venga liberato dal plasmide.
Poiché è molto più piccolo del plasmide, ti aspetteresti di vedere due bande in quella corsia, una vicino alla parte superiore e l'altra verso il basso vicino al fondo. Un plasmide tagliato con un solo enzima di restrizione dovrebbe formare solo una singola banda che viaggia un po' più lontano del plasmide tagliato con due enzimi di restrizione, ma neanche lontanamente fino all'inserto.
Misura la distanza dai pozzetti al plasmide tagliato e inserisci le bande con il righello. Dividi questi numeri per la distanza percorsa dal colorante di tracciamento per trovare la mobilità relativa degli inserti e dei plasmidi tagliati.