Nel 19° secolo, la tassonomia - la classificazione degli organismi viventi - era di gran moda in biologia. Sia i naturalisti dilettanti che quelli professionisti erano così presi dalla mania di collezionare e identificare le creature, che i coleotteri rari erano una merce calda. All'epoca si sapeva poco dei microrganismi e del loro posto nel mondo degli esseri viventi, e la classificazione della microbiologia non riceveva molta attenzione. I decenni successivi hanno visto un drammatico aumento della conoscenza dei microbi e dei metodi di l'identificazione di microrganismi, con parte di tale incremento dimostrato dall'efficiente classificazione di microrganismi.
Componenti della tassonomia
La tassonomia ha tre componenti: nomenclatura, classificazione e identificazione. La nomenclatura è semplicemente assegnare un nome a una specie. La classificazione consiste nel raggruppare le specie in base a caratteristiche condivise, alcune delle quali sono fisiche e altre biochimiche. L'identificazione consiste nell'utilizzare le caratteristiche di un organismo per determinare dove appartiene a uno schema di classificazione. Il moderno schema tassonomico ha come suo gruppo più grande e più inclusivo, i domini. Il gruppo più piccolo è la specie. Dal più inclusivo al più specifico, i livelli funzionano così: dominio, regno, phylum, classe, ordine, famiglia, genere e specie. Tu, per esempio, sei Eukarya Animalia Chordata Mammalia Primate Hominidae Homo sapiens.
Microrganismi e domini
I microrganismi sono estremamente diversi. Non sono definiti da un particolare tipo di struttura o funzione, ma semplicemente dalla loro dimensione. I microrganismi sono così diversi che rientrano in tutte e tre le diverse classificazioni di primo livello, in tutti e tre i domini. Un dominio è batteri, l'altro è archaea e l'ultimo è eukarya. Tutti i membri dei domini dei batteri e degli archei sono microrganismi unicellulari. Sono entrambe cellule senza membrane che separano il loro materiale genetico dal resto della cellula, membrane che definiscono un nucleo. Quindi tutti i regni, i phyla, le classi, gli ordini, le famiglie, i generi e le specie all'interno dei domini dei batteri e degli archaea sono microrganismi.
Protisti unicellulari
Gli eukarya sono organismi le cui cellule contengono un nucleo. Molti organismi eucarioti sono microrganismi unicellulari, ma molti altri, come le sequoie o tu, non lo sono. Quindi sono necessarie ulteriori classificazioni. Il regno Protista all'interno del dominio Eukarya è composto solo da microrganismi unicellulari. I protisti sono divisi in tre diversi gruppi di phyla: quattro diversi phyla di alghe, quattro diversi phyla di protozoi e due diversi phyla di muffe. Ma tutti gli organismi all'interno di questi phyla - tutti all'interno del regno Protista - sono microrganismi.
Funghi microscopici
Il regno Fungi è contenuto nel dominio Eukarya. Alcuni dei phyla all'interno dei funghi contengono microrganismi. Ad esempio, il phylum Zygomycota contiene muffe microscopiche del pane e il phylum Ascomycota contiene lieviti e parassiti e parassiti delle colture microbiche. I licheni sono un insieme simbiotico di un fungo e di un organismo fotosintetico, contenuto in parte nel regno dei funghi e in parte in altri regni, o anche in altri domini.