I batteri eterotrofi neutrofili e acidofili costituiscono la maggior parte delle specie di batteri. I termini "neutrofilico" e "acidofilo" si riferiscono al livello ottimale di pH delle specie batteriche, una misura dell'acidità o della basicità di una sostanza. Ad esempio, l'aceto misura come acido e il bicarbonato di sodio come base. La scala del pH va da 0 a 14, con 7, il pH dell'acqua pura, proprio nel mezzo.
Eterotrofi neutrofili
La maggior parte dei batteri, i neutrofili, vive nel suolo o nell'acqua e cresce meglio a un pH neutro compreso tra 6 e 8. Se il pH varia troppo al di fuori di questo intervallo, i batteri neutrofili non possono sopravvivere. La maggior parte dei batteri che causano malattie negli esseri umani sono anche eterotrofi neutrofili, adatti a sopravvivere all'interno di un corpo umano.
Eterotrofi acidofili
I batteri acidofili crescono meglio a livelli di pH più bassi, di solito sotto un pH di 6, poiché hanno meccanismi biologici che consentono loro di mantenere il loro pH interno vicino alla neutralità. Il drenaggio acido delle miniere - il deflusso contaminato e altamente acido dalle aree minerarie - contiene un'alta popolazione di acidofili che ossidano il solfuro che si trova nei minerali metallici. Secondo il Science Education Resource Center del Carleton College, l'acidofilo Ferroplasma trovato nel drenaggio delle miniere acide ha mostrato livelli di pH fino a zero.
Eterotrofi obbligatoriamente acidofili
Gli acidofili obbligati richiedono un pH basso, inferiore a 4 o 5, per sopravvivere. La membrana cellulare degli acidofili obbligati si dissolve effettivamente a livelli di pH neutri, causando la morte cellulare. Molti acidofili obbligati sono anche termofili, organismi che crescono meglio ad alte temperature e che si trovano comunemente nei terreni vulcanici. Thiobacillus ferrooxidans è probabilmente il batterio acidofilo ossidante il ferro più studiato.