La clonazione è una questione etica scottante nella comunità scientifica, ma i batteri si clonano continuamente. In un processo chiamato fissione binaria, un batterio raddoppia le sue dimensioni e il suo materiale genetico, quindi si divide per produrre due cellule identiche.
Rispetto alla divisione cellulare eucariotica, o mitosi, la fissione binaria è un processo relativamente semplice. Primo, il batterio copia il suo DNA, materiale genetico che, nei batteri, è circolare. Il DNA fornisce tutte le informazioni necessarie per creare una cellula identica. Il DNA viene quindi segregato alle estremità opposte della cellula e le proteine necessarie per la divisione cellulare si assemblano al centro della cellula. Il batterio di solito raddoppia anche il suo fluido intracellulare, chiamato anche citoplasma. Le proteine scindono la cellula in due e nella maggior parte dei batteri viene costruita una nuova parete cellulare per completare la divisione.
Il vantaggio della fissione binaria dal punto di vista dei batteri è che è rapida e semplice. Dal punto di vista del controllo e della prevenzione delle malattie, la fissione binaria è vantaggiosa perché semplifica la produzione di medicinali. In genere è necessario un solo farmaco per trattare un'infezione batterica perché tutti i batteri sono identici e risponderanno allo stesso modo. Sfortunatamente, tuttavia, alcuni batteri stanno sviluppando una resistenza ai farmaci attraverso una mutazione che rende le infezioni molto più difficili da trattare.