Un albero filogenetico è una rappresentazione grafica delle relazioni evolutive che dimostra come gli organismi potrebbero essersi discostati da un antenato comune. In precedenza, ciò veniva fatto attraverso il confronto dell'anatomia e della fisiologia di organismi viventi e fossili, ma ora vengono comunemente utilizzate informazioni genetiche prese dalle sequenze nucleotidiche del DNA. Organismi con poche somiglianze possono essere trovati sui "rami" separati di un albero filogenetico e quelli con specifiche comunanze sarebbero localizzati su "rami" dello stesso ramo. Un albero filogenetico è un metodo per comprendere le specie e i cambiamenti evolutivi negli organismi.
Selezionare un organismo modello per il confronto delle relazioni. Questo può essere fatto con una specie, razza o sequenza nucleotidica che rappresenta un organismo. Un esempio di organismo potrebbe essere una mucca. Il resto dell'albero dimostrerebbe quanto una mucca sia strettamente correlata ad altri organismi basati su tratti genetici.
Scegli un outgroup. Un outgroup è un organismo meno strettamente correlato o una sequenza nucleotidica molto diversa. Se l'organismo modello è una mucca, un possibile outgroup sarebbe un pesce. Più due organismi sono diversi, più in basso nell'albero filogenetico sarà il loro punto di diramazione divergente. L'ora è rappresentata con la data più vecchia nella parte inferiore del grafico e il giorno attuale nella parte superiore del grafico. La posizione dei rami mostra approssimativamente quando in passato un tratto evolutivo ha probabilmente cambiato un organismo ancestrale in specie diverse.
Determinare un insieme di caratteristiche da utilizzare per il confronto. Gli esempi includono "ha quattro zampe", "mastica cud", "partorisce vivo" o "cresce peli". Le sequenze nucleotidiche sono solo rappresentazioni alfabetiche del DNA che determina le caratteristiche, quindi un'altra opzione sarebbe: "contiene la sequenza ATGACACGGA."
Dividere gli organismi in base alle caratteristiche. Quando un organismo non contiene il tratto desiderato, viene creato un ramo nell'albero filogenetico. Poiché la caratteristica "ha quattro zampe", mucche, pecore e cervi sarebbero tutti su un ramo, mentre i pesci sarebbero su un ramo separato. Incolla l'immagine o la sequenza di una mucca nell'angolo superiore del cartellone e il pesce nell'angolo opposto e traccia due linee da loro alla base del foglio a forma di V intersecante.
Continua a separare gli organismi modello o le sequenze nucleotidiche fino a quando ogni esempio ha una singola separazione dal ramo in un ramoscello. La caratteristica “ha lana” separerebbe pecore da cervi e mucche su un unico ramo. Posiziona l'immagine della pecora vicino all'immagine del pesce e traccia una linea che si collega a forma di V fino al ramo della mucca. L'uso della caratteristica "ha una coda soffice" separerebbe la mucca dal cervo. Incolla l'immagine del cervo tra la mucca e la pecora e disegna un'altra linea a forma di V che si interseca sopra le linee di pesce e pecora. Quando ogni specie ha un solo ramo, l'albero filogenetico è stato completato.