Sebbene le forze naturali possano distruggere o mettere a dura prova una popolazione animale, sempre più le attività dell'uomo hanno messo in pericolo un gran numero di animali. È vero che alcuni animali e piante, specialmente quelli addomesticati come colture, bestiame e animali domestici, hanno beneficiato e persino prosperato dalle alterazioni che l'uomo ha apportato al mondo. Tuttavia, alcune popolazioni animali sono state poste sotto un'enorme pressione a causa di questi cambiamenti e, in alcuni casi, le popolazioni stanno scendendo a livelli significativamente più bassi. Piccole popolazioni o organismi con una distribuzione limitata sono estremamente sensibili ai fattori che causano pericolo, sia che ci si affidi al senso ordinario del termine o alla definizione di specie in pericolo contenuta in legge federale.
Perdita di habitat
Una delle cause più significative di animali in via di estinzione è la perdita dell'habitat. Mentre l'habitat può essere perso a causa di forze naturali (cambiamenti climatici, cambiamenti geologici), gran parte dell'habitat perso oggi è dovuto all'attività umana. La costruzione di dighe, autostrade, canali, urbanizzazione e agricoltura colpiscono drammaticamente gli abitanti degli ecosistemi nativi. Anche quando parti dell'ecosistema rimangono intatte creando "isole", l'habitat risultante potrebbe essere troppo piccolo o troppo disperso per supportare una specie.
Specie invasive
Le specie invasive sono una delle principali ragioni biotiche per cui gli animali sono in pericolo. Molte specie che arrivano in un nuovo ecosistema sono mal adattate e muoiono rapidamente. Tuttavia, alcune specie sono in grado di sfruttare l'ecosistema a scapito degli organismi autoctoni. Piccoli ecosistemi come quelli delle isole sono significativamente colpiti dall'introduzione di specie invasive ma anche le popolazioni autoctone continentali e oceaniche possono essere devastate dalla competizione o dalla predazione da parte del invasore.
Sfruttamento eccessivo delle risorse
La pesca eccessiva di una particolare specie di pesce è una causa ovvia e diretta di pericolo di estinzione per un animale. Ma anche altri organismi all'interno dell'ecosistema possono essere danneggiati (o beneficiati) dall'eccessivo sfruttamento di una particolare specie. Ad esempio, la preoccupazione che la lontra marina della California stesse devastando la popolazione di abalone ha portato a uccisione indiscriminata delle lontre marine, alterando l'equilibrio della competizione biotica tra i vari organismi. La riduzione delle lontre marine ha portato a un'esplosione nella popolazione di ricci di mare che pascolavano sulle stive di alghe. Quando le alghe si sono staccate dal fondo e sono arrivate a riva, gli organismi che dipendevano dalle foreste di alghe sono stati sottoposti a una maggiore tensione.
Patogeni e malattie
La diffusione degli animali domestici ha anche diffuso le malattie ad essi associate in nuove aree del mondo. In alcuni casi, le malattie infettavano popolazioni autoctone che avevano poca resistenza all'agente patogeno invasore. Queste malattie possono raggiungere livelli epidemici nella popolazione nativa, decimandone il numero.
Inquinamento ambientale
L'inquinamento in molte forme ha messo in pericolo molti animali. I pesticidi e altre sostanze chimiche introdotte in un ecosistema possono danneggiare in modo significativo le specie non mirate. Ad esempio, il DDT utilizzato per combattere le zanzare è stato infine collegato al calo dei tassi riproduttivi degli uccelli. Altre forme di inquinamento come l'inquinamento termico, luminoso e acustico possono ridurre i tassi di sopravvivenza delle popolazioni animali locali.