Elektroforesis gel adalah metode yang digunakan di laboratorium untuk mengukur dan menyortir untaian DNA. Hal ini diperlukan karena DNA dalam kondisi normal terlalu kecil untuk dimanipulasi, bahkan jika dilihat dengan menggunakan sebagian besar mikroskop. Laboratorium elektroforesis gel menggunakan prosedur yang relatif mudah, dan teknik dasar yang sama juga dapat digunakan untuk memisahkan protein individu.
Matriks Gel
Untuk memulai prosedur elektroforesis gel, Anda harus membuat gel terlebih dahulu. Biasanya, gel dibuat dalam lembaran tipis menggunakan zat yang disebut agarosa. Agarosa bubuk ditempatkan dalam labu, diikuti dengan larutan air garam yang disebut buffer. Campuran agarosa dan buffer ini dipanaskan sampai kedua zat tersebut melebur, kemudian dituangkan ke dalam cetakan pembentuk. Alat yang disebut sisir kemudian ditempatkan di salah satu ujung cetakan sebelum gel mendingin. Saat gel didinginkan, sisir dihilangkan, meninggalkan slot kecil yang akan digunakan untuk menampung sampel DNA.
Karakteristik khusus dari campuran agarosa yang didinginkan (disebut matriks gel) berasal dari fakta bahwa ia dibuat dengan air garam. Ketika dialiri listrik, matriks akan menjadi konduktif, memungkinkan listrik mengalir sepanjangnya. Sifat khusus lain dari matriks gel adalah adanya lubang mikroskopis yang teratur. Lubang-lubang ini akan memungkinkan untaian DNA untuk melakukan perjalanan melalui matriks gel dan memfasilitasi proses penyortiran.
Ruang Elektroforesis
Langkah Anda selanjutnya adalah membuat ruang elektroforesis. Ini adalah kotak persegi panjang kecil, kabel dengan sambungan listrik positif dan negatif di kedua ujungnya. Kamar biasanya dangkal, cukup kecil untuk diletakkan di atas meja, dan dibuat dari bahan bening seperti Plexiglas.
Larutan air garam dituangkan ke dasar ruang elektroforesis, dan matriks gel sedikit terendam dalam larutan ini. Air garam memiliki dua tujuan: membantu aliran listrik dan menjaga agar matriks gel tetap lembab. Karena DNA didorong oleh muatan negatif, tempatkan matriks Anda sehingga sampel Anda akan ditempatkan di sebelah sambungan listrik negatif Anda.
Mempersiapkan DNA
Sampel DNA kemudian disiapkan. Karena DNA dalam larutan hampir tidak mungkin untuk dilihat, zat pewarna yang disebut buffer pemuatan ditambahkan ke setiap sampel individu. Agen ini juga mengentalkan larutan DNA, membuatnya kurang encer dan lebih bisa diterapkan. Dengan menggunakan pipet, pindahkan sampel larutan DNA ke setiap slot bergantian dalam matriks gel. Di celah kosong di antara setiap sampel, tempatkan beberapa larutan DNA yang panjangnya telah Anda ketahui (disebut standar DNA) untuk kontrol eksperimen dan perbandingan.
Nyalakan Daya
Sekarang, nyalakan ruang elektroforesis Anda. Di bawah kekuatan negatif, sampel DNA Anda akan dipaksa melintasi panjang ruangan. Untaian DNA yang kecil akan bergerak lebih cepat melalui matriks gel, dan dalam waktu singkat mereka akan memisahkan diri dari untaian yang lebih panjang dan lebih lambat. Pewarna dalam zat pewarna memungkinkan Anda mengikuti jejak DNA. Anda tidak akan dapat melihat untaian DNA individu, tetapi untaian dengan panjang yang sama akan menggumpal.
Langkah Terakhir
Ketika DNA disortir, matriks dikeluarkan dari ruang elektroforesis. DNA kemudian diwarnai untuk memudahkan pengukuran dan pemeriksaan.