Dalam elektroforesis gel, sampel DNA atau protein dipisahkan -- biasanya berdasarkan ukuran -- dengan menerapkan medan listrik yang menyebabkannya bermigrasi melalui gel. Penggunaan elektroforesis gel rutin di laboratorium penelitian biomedis dan digunakan untuk menjawab berbagai pertanyaan yang berbeda, sehingga tidak ada cara universal untuk menganalisis hasilnya.
Teknik yang berbeda seperti Western blotting, Northern blotting, dan Southern blotting, misalnya, semuanya melibatkan elektroforesis gel.
Jika Anda melakukan gel agarosa elektroforesis sampel DNA, jenis prosedur yang paling umum, Anda biasanya perlu melakukan setidaknya dua hal: 1) membedakan yang tidak dipotong plasmid dari insert, nicked plasmid dan cut plasmid dan, 2) memperkirakan ukuran berbagai fragmen DNA dengan kurva standar Excel atau Kalkulator.
Periksa buku catatan lab Anda untuk menentukan sampel mana yang dimuat ke jalur mana. Saat Anda memuat sumur untuk gel Anda, Anda seharusnya mencatat identitas setiap jalur/sampel.
Dengan menggunakan penggaris, ukur jarak pada gambar Anda dari sumur ke pewarna pelacak, yang akan telah melakukan perjalanan lebih jauh daripada pita DNA mana pun (dengan kata lain, itu akan berada di bagian bawah gel). Catat nomor ini -- satuan yang Anda gunakan tidak penting.
Ukur jarak pada gambar Anda dari sumur ke masing-masing pita di "tangga", lalu bagi jarak itu dengan jarak yang ditempuh oleh pewarna pelacakan pita. Perhitungan ini memberi Anda mobilitas relatif dari setiap band.
Contoh: Misalkan pita pewarna penjejak menempuh jarak 6 inci dan kita memiliki tiga pita yang menempuh jarak 5, 4,5 dan 3,5 inci.
Apa mobilitas relatif mereka? Jawaban: Kami membagi 5, 4,5 dan 3,5 dengan 6 untuk memperoleh mobilitas relatif 0,833, 0,75 dan 0,5833.
Pabrikan memberi Anda ukuran setiap fragmen di tangga yang mereka suplai, jadi Anda seharusnya sudah memiliki informasi ini.
Gunakan fungsi Trendline pada program spreadsheet Anda untuk menyesuaikan persamaan dengan data. Persamaan ini harus berupa persamaan pangkat (misalnya x^-2) dan harus cocok dengan data secara relatif baik (koefisien R minimal 0,9). Ini menciptakan kurva dan kurva standar Unggul.
Ingatlah bahwa fragmen DNA yang lebih kecil bergerak lebih jauh melalui gel daripada fragmen DNA besar, sehingga yang paling dekat dengan pewarna pelacak akan menjadi yang terkecil. Namun, perhatikan bahwa jika plasmid (melingkar) DNA tidak dipotong, itu akan menjadi "supercoiled" atau dipelintir seperti kabel telepon, yang sebenarnya akan menyebabkannya bergerak lebih jauh dari DNA linier dengan ukuran yang sama.
Demikian juga, plasmid "terpotong" yang telah dipotong tidak lengkap akan berjalan singkat jarak dari DNA linier dengan ukuran yang sama. Akibatnya, Anda tidak dapat memperkirakan ukuran plasmid yang belum dipotong dari gel Anda.
Cocokkan pita di setiap jalur dengan identitas sampel yang Anda muat di jalur itu dan tentukan apakah yang Anda lihat adalah yang Anda harapkan. Ini akan tergantung pada sifat eksperimen Anda.
Akan tetapi, secara umum, jika Anda mencerna plasmid sisipan dengan dua enzim restriksi, Anda akan mengharapkan sisipan akan dibebaskan dari plasmid.
Karena jauh lebih kecil daripada plasmid, Anda akan mengharapkan untuk melihat dua pita di jalur itu, satu di dekat bagian atas dan yang lainnya di bawah dekat bagian bawah. Potongan plasmid dengan hanya satu enzim restriksi seharusnya hanya membentuk pita tunggal yang bergerak sedikit lebih jauh daripada potongan plasmid dengan dua enzim restriksi, tapi tidak jauh dari sisipan.
Ukur jarak dari sumur ke plasmid yang dipotong dan masukkan pita dengan penggaris Anda. Bagilah angka-angka ini dengan jarak yang ditempuh oleh pewarna penjejak untuk menemukan mobilitas relatif sisipan dan plasmid yang dipotong.