Tris, atau tris (hidroksimetil) aminometana, adalah penyangga biologis umum, yang digunakan selama proses ekstraksi DNA. Selama ekstraksi dari sejumlah sumber, DNA sensitif terhadap pH. Selama lisis sel, penghilangan komponen seluler yang tidak diinginkan dan pengendapan, tris digunakan untuk mempertahankan pH yang stabil. Selain itu, ia memainkan peran yang sangat penting dalam lisis sel.
TL; DR (Terlalu Panjang; Tidak Membaca)
Ekstraksi DNA adalah proses yang sensitif terhadap pH, dan menggunakan buffer tris membantu menjaga pH tetap stabil selama lisis dan ekstraksi sel.
Tris sebagai Penyangga
Karena pH dapat mempengaruhi dan dipengaruhi oleh sejumlah faktor seluler, mempertahankan pH yang stabil sangat penting untuk ilmu eksperimental. Buffer biologis, seperti tris, penting karena dapat mempertahankan pH yang stabil meskipun ada pengaruh yang dapat mengubah pH. Tris (hidroksimetil) aminometana, dengan pKa 8,1, merupakan penyangga efektif antara pH 7 dan 9. Karena jangkauan netralnya, tris adalah penyangga yang umum digunakan di laboratorium biologi. Namun, buffer tris sensitif terhadap suhu dan harus digunakan pada suhu di mana awalnya pH untuk menghindari ketidakakuratan.
Lisis Sel
Lisis, atau membuka sel, adalah langkah pertama ekstraksi DNA. Hal ini dicapai dengan buffer yang mengandung tris dan EDTA (asam etilendiamintetraasetat). EDTA mengikat kation divalen seperti kalsium dan magnesium. Karena ion-ion ini membantu menjaga integritas membran sel, menghilangkannya dengan EDTA membuat membran tidak stabil. Tris adalah komponen penyangga utama; peran utamanya adalah untuk menjaga pH buffer pada titik stabil, biasanya 8,0. Selain itu, tris kemungkinan berinteraksi dengan LPS (lipopolisakarida) di membran, berfungsi untuk mengacaukan membran lebih lanjut.
Tris Melindungi DNA dari Perubahan pH
Ketika sel-sel dipecah, DNA dan isinya tumpah ke dalam buffer. Selain itu, RNase A (menghancurkan RNA), protease (menghancurkan protein), dan SDS (natrium dodesil sulfat, melarutkan fragmen membran) sering disertakan. Secara keseluruhan, sup isi seluler dan RNA dan protein yang terfragmentasi ini dapat berdampak besar pada pH larutan. Karena DNA sensitif terhadap pH, penting bagi tris untuk menyangga sup dan menjaga pH pada titik yang stabil.
Pengendapan DNA
Pada tahap akhir ekstraksi DNA, DNA itu sendiri diekstraksi dari larutan. Pada titik ini, DNA larut dalam buffer. Untuk mengekstraksi dari larutan, DNA dibuat tidak larut dengan menambahkan etanol atau isopropanol (isopropil alkohol). Ketika ini dilakukan, DNA menjadi jelas dalam larutan sebagai zat benang putih. Meskipun DNA dapat diisolasi dari komponen seluler yang tersisa dengan cara ini, DNA tidak "dapat digunakan" jika tidak larut. Setelah isolasi, alkohol dihilangkan, dan DNA harus dikembalikan ke buffer biologis, seperti tris, untuk digunakan.
Lakukan sendiri
Meskipun ekstraksi DNA umumnya dilakukan di laboratorium penelitian umumnya menggunakan salah satu dari sejumlah: kit yang tersedia secara komersial, siapa pun dapat melakukan ekstraksi DNA di rumah menggunakan barang-barang rumah tangga biasa dan hijau kacang polong atau bayam. Dalam hal ini, tris, atau buffer biologis apa pun, tidak ada untuk melindungi DNA dari perubahan pH. Namun, ini adalah cara visual untuk membantu siswa terhubung dengan DNA seluler.