Kloning adalah masalah etika yang hangat dalam komunitas ilmiah, tetapi bakteri mengkloning diri mereka sendiri sepanjang waktu. Dalam proses yang disebut pembelahan biner, satu bakteri menggandakan ukuran dan materi genetiknya, kemudian membelah untuk menghasilkan dua sel yang identik.
Jika dibandingkan dengan pembelahan sel eukariotik, atau mitosis, pembelahan biner adalah proses yang relatif sederhana. Pertama, bakteri menyalin DNA-nya -- materi genetik yang, pada bakteri, berbentuk lingkaran. DNA memberikan semua informasi yang diperlukan untuk membuat sel yang identik. DNA kemudian dipisahkan di ujung sel yang berlawanan dan protein yang diperlukan untuk pembelahan sel berkumpul di pusat sel. Bakteri biasanya menggandakan cairan intraselulernya, yang disebut juga sitoplasma. Protein membelah sel menjadi dua dan pada kebanyakan bakteri, dinding sel baru dibangun untuk menyelesaikan pembelahan.
Keuntungan pembelahan biner dari perspektif bakteri adalah cepat dan sederhana. Dari perspektif pengendalian dan pencegahan penyakit, pembelahan biner menguntungkan karena menyederhanakan produksi obat. Biasanya hanya satu obat yang diperlukan untuk mengobati infeksi bakteri karena semua bakteri identik dan akan merespons dengan cara yang sama. Sayangnya, bagaimanapun, beberapa bakteri mengembangkan resistensi obat melalui mutasi yang membuat infeksi jauh lebih sulit untuk diobati.