Bagan alir bakteri memberikan bantuan visual untuk identifikasi spesies bakteri dengan cepat. Untuk membuat diagram alur, identifikasi karakteristik umum dari kelompok bakteri yang berbeda terlebih dahulu untuk mengecualikan kelompok yang tidak relevan, dan untuk lebih efisien menentukan bakteri yang ada. Berbagai perangkat lunak memiliki elemen geometris yang diperlukan untuk menangani satu kelompok pada satu waktu, dengan pewarnaan Gram dan bentuk. Spesies bakteri kulit yang umum, Staphylococcus aureus, menawarkan tempat yang sangat baik untuk memulai, dengan setiap langkah dalam diagram alur diatur dalam bentuk geometris seperti persegi panjang, oval, bujur sangkar atau kotak dengan garis yang menghubungkan setiap langkah berikutnya di bawah untuk diagram alur berjajar potret dan secara horizontal untuk diagram berorientasi lanskap.
Tulis atau ketik "Gram Stain" sebagai tes utama dan buat dua cabang dari kotak ini. Tandai cabang "Gram Positif" dan "Gram Negatif". Pewarnaan Gram-positif, seperti Staphylococcus, tampak ungu dan pewarnaan Gram-negatif, seperti E. coli. E.coli terlihat merah. Bakteri dibagi menjadi dua kelompok ini dan pewarnaan Gram adalah tes pertama yang dilakukan pada yang tidak diketahui sampel, karena merupakan prosedur sederhana dan murah yang memungkinkan persentase besar kemungkinan untuk dibuang.
Masukkan opsi berikutnya dalam kotak atau bentuk lain pada diagram alur, yang mengidentifikasi bentuk bakteri yang diperoleh dari analisis mikroskopis pewarnaan Gram. Jenis bentuknya adalah batang, kokus, bola atau bulat telur, spirillia, batang spiral bengkok, spirochetes, batang bengkok spiral panjang yang sangat tipis, dengan kuncup dan pelengkap dan berfilamen, bagian seperti benang. Batang dan kokus adalah yang paling umum. Staphylococcus mengidentifikasi sebagai kokus.
Pisahkan langkah-langkah berikut, kotak atau bentuk pilihan lainnya, menjadi tes biokimia untuk setiap cabang diagram alur. Ini berbeda untuk berbagai bentuk pengelompokan Gram. Tes utama untuk kokus Gram-positif adalah tes katalase menggunakan hidrogen peroksida, dan pilihan yang dihasilkan adalah katalase positif atau katalase negatif. Misalnya, spesies Micrococcus dan Staphylococcus tes positif dan Streptococcus tes negatif. Contoh langkah lain untuk kelompok di luar non-kokus, non-Gram positif termasuk fermentasi laktosa atau non-fermentasi untuk batang Gram negatif.
Analisis sifat-sifat fermentasi bakteri dalam elemen bagan alir berikutnya. Bakteri baik memfermentasi atau mengoksidasi. Staphylococcus aureus bersifat fermentatif dibandingkan dengan Micrococcus, yang bersifat oksidatif.
Tambahkan garis dan bentuk lain ke diagram alur. Langkah ini merupakan tes untuk koagulasi, tes biokimia yang disebut koagulase. Staphylococcus aureus menghasilkan enzim koagulase, dan ketika diuji dengan media yang sesuai, menghasilkan gumpalan seperti jeli. Semua tes stafilokokus lainnya sebagai koagulase negatif.
Langkah alternatif untuk pengelompokan bakteri lainnya termasuk pengujian oksidase untuk batang Gram-negatif, atau fermentasi laktosa cepat atau lambat.