Pohon filogenetik adalah representasi grafis dari hubungan evolusioner yang menunjukkan bagaimana organisme mungkin menyimpang dari nenek moyang yang sama. Sebelumnya, ini dilakukan melalui perbandingan anatomi dan fisiologi organisme hidup dan fosil, tetapi sekarang informasi genetik yang diambil dari urutan nukleotida DNA sudah umum digunakan. Organisme dengan sedikit kesamaan dapat ditemukan pada "cabang" terpisah dari pohon filogenetik dan organisme dengan kesamaan tertentu akan ditempatkan pada "ranting" dari cabang yang sama. Pohon filogenetik adalah metode untuk memahami spesies dan perubahan evolusioner dalam organisme.
Pilih organisme model untuk perbandingan hubungan. Ini dapat dilakukan dengan spesies, breed atau urutan nukleotida yang mewakili suatu organisme. Contoh organisme bisa menjadi sapi. Sisa pohon akan menunjukkan seberapa dekat hubungan sapi dengan organisme lain berdasarkan sifat genetik.
Pilih grup luar. Outgroup adalah organisme yang kurang terkait erat atau urutan nukleotida yang sangat berbeda. Jika organisme model adalah sapi, maka outgroup yang mungkin adalah ikan. Semakin berbeda dua organisme, semakin jauh ke bawah pada pohon filogenetik akan menjadi titik cabang divergen mereka. Waktu diwakili dengan tanggal tertua di bagian bawah grafik dan hari ini berada di bagian atas grafik. Penempatan cabang menunjukkan kira-kira ketika di masa lalu suatu sifat evolusioner mungkin mengubah organisme leluhur menjadi spesies yang berbeda.
Tentukan satu set karakteristik yang akan digunakan untuk perbandingan. Contohnya termasuk "memiliki empat kaki", "mengunyah makanan", "melahirkan" atau "menumbuhkan rambut". Urutan nukleotida hanya representasi abjad DNA yang menentukan karakteristik, jadi opsi lain adalah: "berisi urutannya ATGGGACACGGA."
Bagilah organisme berdasarkan ciri-cirinya. Ketika satu organisme tidak mengandung sifat yang diinginkan, cabang dibuat di pohon filogenetik. Untuk ciri khas “berkaki empat”, sapi, domba, dan rusa semuanya berada pada satu cabang, sedangkan ikan berada pada cabang yang terpisah. Tempelkan gambar atau urutan sapi di sudut atas papan poster dan ikan di sudut yang berlawanan dan gambar dua garis dari mereka ke dasar kertas dalam bentuk V yang berpotongan.
Lanjutkan memisahkan organisme model atau urutan nukleotida sampai setiap contoh memiliki pemisahan tunggal dari cabang menjadi ranting. Karakteristik "memiliki wol" akan memisahkan domba dari rusa dan sapi menjadi cabang tunggal. Tempatkan gambar domba di dekat gambar ikan dan buat garis yang menghubungkan dalam bentuk V ke bawah ke cabang sapi. Menggunakan karakteristik "memiliki ekor berbulu" akan membedakan sapi dari rusa. Tempelkan gambar rusa di antara sapi dan domba dan buat garis lain menjadi bentuk V yang berpotongan di atas garis ikan dan domba. Ketika setiap spesies memiliki satu cabang, pohon filogenetik telah selesai.